由於你沒有提到這兩個數據庫是什麼，我假設它們不是用戶數據庫，並且脫離了上下文。專注於用戶身份存儲，是的，除非你使用ADFS，LDAP或其他東西，否則它將成爲一個獨立的實體。我會阻止你構建你自己的身份解決方案，而是尋找更廣泛使用和接受的東西，因爲它是一個安全主題。
看一看Thinktecture Identity Server。它是一個基於OpenId Connect的開源解決方案。它具有自己的數據庫，支持相同的域SSO，基於cookie的認證並支持開放式ID連接。如果要連接ADFS，它還支持聯合身份驗證。它也可以做社會符號整合。
我已將.NET，Java和PHP解決方案集成到同一實例的生產環境中，一切都非常棒，無縫。
您可以將其作爲單獨的服務託管。您可以註冊已知的客戶端（您的應用程序和服務），其傳入和重定向的URL，包括郵件註銷URL，這樣您的應用程序就可以無縫連接並從身份服務器返回。 Identity Server隨附您需要保護您的API和Web應用程序的所有中間件。它還提供REST端點以獲取和驗證訪問令牌等。
您還可以設置不同的作用域來指定可以處理請求的作用域。
我說的大部分內容都與oAuth 2.0規範直接相關，所以如果你不知道它，可能你可以閱讀一些關於它的文章here。
使用典型的oAuth Flow（例如，g隱式流或授權代碼流），在Owin流水線中連接正確的中間件，並使用[Authorize]屬性裝飾您的API資源，您的應用程序將重定向到用戶可以登錄的身份服務器頁面。您的API（受保護的資源）可以指定他們是否期待特定範圍，何時呈現令牌並允許基於此接受/拒絕您的請求。
客戶端註冊確保只有身份服務器接受已知客戶端（因爲應用程序通常面向互聯網），您可以使用MembershipReboot組件（也可以使用Thinktecture（也稱爲開源））作爲身份存儲或編寫自己的實現的「用戶服務」。可用的擴展點太多，您可以實際定製所有內容，包括身份服務器頁面的外觀和感覺以匹配客戶端應用程序的UI方案。有IUserService（插入自己的用戶存儲，ViewLoader自定義用戶界面，CORS策略服務指定每個客戶端允許的來源，基於證書的TokenSigningService簽署令牌（訪問/刷新令牌），ScopeStore，ClientStore，TokenHandleStore（用於存儲範圍，客戶端配置，令牌），ClaimsFilters過濾發佈令牌時包含哪些聲明，當您使用可能返回更多需要存儲或提供的信息的外部提供商時，此功能很有用）
我可以繼續這裏但就像我說的可用的東西，我用它在生產中的多個應用程序，你可以試試。
您可以在本地計算機上啓動並運行30分鐘的Identity Server和MembershipReboot數據庫設置。作者的支持非常好，這是用戶認證和授權非常廣泛接受的解決方案。
例如，確保一個的WebAPI是超級簡單： 1.根據您的需要 2.本通知API去檢查，如果你在owin得到的東西設置了授權與[Authorize]和或[ScopeAuthorize]裝飾你的API管道。 3.在Owin啓動只需使用：
app.UseIdentityServerBearerTokenAuthentication(new IdentityServerBearerTokenAuthenticationOptions()
{
Authority = "http://your-idserver-url"
});
是的，這是你在你的WebAPI需要的所有變化。有一種單獨的方法可以爲基於MVC的Web應用程序設置開放標識配置，但無論如何都可以在帶示例代碼的文檔中找到。
該文檔很容易遵循，服務器易於安裝。它消除了應用程序和服務中的所有複雜性，因此您可以專注於您希望應用程序執行的操作，而不用擔心在每個應用程序或服務中處理身份驗證和授權。
谷歌爲自定義身份（這真的是你使用的）使用SQL Server的設置，你可能會理解你如何做你想做的事情 –
@cFrozenDeath自定義ASP.NET身份？它是一個定製存儲提供商嗎？身份是OWIN還是ASP.NET？ – SmashCode
身份是在OWIN中間件上運行的成員資格提供者（授權/認證）。身份可以配置到您選擇的存儲提供程序（SQL Server，MySQL等等）。 OWIN和ASP.NET一樣。強烈建議您查看一些基本的OWIN教程/文檔 –