爲什麼PDBParser無法讀取所有fpocket輸出文件？

我使用fpocket在我的PDB蛋白質結構中找到口袋。輸出是一個有序的口袋列表pocket0_atm.pdb,pocket1_atm.pdb等。有些文件被讀入Bio.PDB.PDBParser而不會發生。其他人會因「AssertionError」而失敗。爲什麼PDBParser無法讀取所有fpocket輸出文件？

嘗試將工作的.pdb文件與失敗的文件進行比較並未顯示出一致的差異。有任何想法嗎？

這裏的代碼，竟然放棄了我麻煩的相關章節：

def get_pdb_limits(pdb_file): 
    ''' Return the X,Y,Z size limits of a PDB file. ''' 
    p = PDB.PDBParser() 
    structure = p.get_structure('test', pdb_file)

來源

2012-08-08 AntC

斷言錯誤是什麼？你能告訴我們一些代碼，並可能是堆棧跟蹤？ – 2012-08-09 04:25:40

這是違規所得： – AntC 2012-08-10 13:43:26

'def get_pdb_limits（pdb_file）： ''' 返回PDB文件的X，Y，Z大小限制。 ''」 P = PDB.PDBParser（） x_min，X_MAX =無，無 Y_MIN，Y_MAX =無，無 z_min，z_max =無，無結構= p.get_structure（ '測試'，pdb_file）' 但我們有一個解決方法，看看fpocket輸出中的ATOM行。 – AntC 2012-08-10 13:49:03

沒有一個堆棧跟蹤，這是不可能真正知道你的問題是什麼。但是，PDB.PDBParser的構建是爲了容忍和彌補PDB文件中的一些錯誤。嘗試將PERMISSIVE設置爲True，如下所示，然後查看是否仍然出現錯誤。

p = PDB.PDBParser(PERMISSIVE=1) 
p.get_structure("pdb_id", pdb_file)

來源

2012-08-11 12:51:45

根據fpocket documentation的pocketx_atm.pdb文件只包含在與用於提取袋球體接觸的原子。換句話說，口袋文件不包含可能成爲解析問題源的完整殘留。

來源

2013-05-17 11:34:07

爲什麼PDBParser無法讀取所有fpocket輸出文件？

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