Python函數和for循環

Question

我是Python新手，我似乎沒有從FOR循環中獲得正確的行爲。

我已經有了IDS的名單，我想重複一個「.gtf」文件（製表符分隔的多行），並從中提取對應於那些IDS一些值。

看來，正則表達式的構造不能在findgtf函數內正常工作。從第二次迭代開始，傳遞給函數的「id」變量不會用於「sc」變量的正則表達式模式，並且隨後模式匹配不起作用。在每次迭代之前是否需要重新初始化變量「id」或/和「sc」？ 我的話，你能告訴我如何實現這一

這裏的是代碼：

#!/usr/bin/python 
# -*- coding: utf-8 -*- 
import sys, os, re 
#Usage:gtf_parser_4.py [path_to_dir] [IDlist] 

#######FUNCTIONS###################################### 

def findgtf(id, gtf): 

    id=id.strip()#remove \n 
    #print "Received Id: *"+id+"* post-stripped" 

    for line in gtf: 
     seq, source, feat, start, end, score, strand, frame, attribute = line.strip().split("\t") 
     sc = re.search(str(id), str(attribute)) 

     if sc: 

      print "Coord of "+id+" -> Start: "+str(start)+" End: "+str(end) 

###########################MAIN######################### 
#Arguments retieval 
mydir = sys.argv[1] 
#print"Directory : "+mydir 
IDlist = sys.argv[2] 
#print"IDlist : "+IDlist 
path2ID = os.path.join(mydir, IDlist) 
#print"Full IdList: "+path2ID 
#lines to list 
IDlines = [line.rstrip('\n') for line in open(path2ID)] 

#Open and read dir 
for file in os.listdir(mydir): 
    if file.endswith(".gtf"): 

     path2file = os.path.join(mydir, file) 
     #print"Full gtf : "+path2file 
     gtf = open(path2file,"r") 

     for id in IDlines: 
      print"ID submitted to findgtf: "+id 
      fg = findgtf(id, gtf) 
     gtf.close() 

這裏是從控制檯（提交了IDLIST檢索與3個IDS結果：LX00_00030，gyrB基因， LX00_00065）：

ID submitted to findgtf: LX00_00030 
    Coord of LX00_00030 -> Start: 4299 End: 5303 
    ID submitted to findgtf: gyrB 
    ID submitted to findgtf: LX00_00065 

正如你所看到的第一個ID工作正常，但第二第三的不產生任何結果（雖然他們做，如果他們的訂單在IDLIST切換）。

在此先感謝您的幫助

Answer 1

您的代碼不工作，因爲你正在試圖多次迭代相同的文件對象。一個文件記錄你在內部閱讀的位置，所以當你閱讀到最後時，你就再也看不到了！

爲了使您的代碼正常工作，您需要seek回到文件的開始位置，然後再次迭代。

for id in IDlines: 
    print"ID submitted to findgtf: "+id 
    gtf.seek(0) # seek to the start of the file 
    fg = findgtf(id, gtf)