運行穩定版本R的開發版本

我想在Ubuntu下使用R-devel檢查R軟件包。運行穩定版本R的開發版本

我安裝了R-devel的基礎上 http://www.personal.psu.edu/mar36/blogs/the_ubuntu_r_blog/2012/08/installing-the-development-version-of-r-on-ubuntu-alongside-the-current-version-of-r.html

，我發現的Mac OS的指南。 http://www.nicebread.de/how-to-check-your-package-with-r-devel/

我試過R CMD check pkg --as-cran，但它仍然是穩定的R版本用來檢查。如何讓R-devel用來檢查？

在此先感謝！

來源

2013-03-28 Randel

也許你已經省略了鏈接到的博客文章中提到的最後一步。你需要改變一些環境變量來點R.新，開發版本後建議創建一個腳本來運行R的開發版：

#!/bin/bash 
# This assmues the dev version of R is installed in /usr/local/ 

export R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/lib/R-devel/lib/R/library:/usr/local/lib/R/site-library:/usr/lib/R/site-library::/usr/lib/R/library'} 
export PATH="/usr/local/lib/R-devel/bin:$PATH" 
R "[email protected]"

您可以在一個位置保存此您的$PATH，並將其命名爲例如R-devel。確保使腳本可執行chmod。然後你就可以推出R-devel的是這樣的：

R-devel CMD check pkg --as-cran

來源

2013-03-28 06:21:06

非常感謝！很抱歉，我是Ubuntu新手。你的意思是'sudo vi /etc/profile.d/R-devel.sh'，添加上面的代碼，並且'sudo chmod a + x /etc/profile.d/R-devel.sh'？但是命令'R-devel'仍然沒有找到。 – Randel 2013-03-28 15:41:53

我會說你把'R-devel'放在例如'在/ usr /本地/ bin'。請記住添加將'R-devel'保存到'PATH'環境變量的地方。假設'/ usr/local/bin'已經在那個路徑中，那麼只要將腳本放在那裏就可以使它在系統範圍內訪問。如果它不在那裏，只需要在''.bashrc''中加入'export PATH =/usr/local/bin：$ PATH'。 – 2013-03-28 18:16:11

太棒了！有用！非常感謝你！ – Randel 2013-03-28 20:02:48

我有一個alternative method基於從BIOC-devel郵件列表諮詢。假設你想在你的主目錄中安裝r-devel，在~/R-devel/中說，這裏是你要做的：

首先，設置環境變量，以便我們不需要重複目錄的名稱。編譯發行版的源代碼目錄和目錄。當然，他們可以在任何地方，只要你喜歡他們是：

export RSOURCES=~/src 
export RDEVEL=~/R-devel

現在，得到了源+推薦套餐：

mkdir -p $RSOURCES 
cd $RSOURCES 
svn co https://svn.r-project.org/R/trunk R-devel 
R-devel/tools/rsync-recommended

其次，建立R和包：

mkdir -p $RDEVEL 
cd $RDEVEL 
$RSOURCES/R-devel/configure && make -j

就是這樣，你完成了。只需保存在一個可執行腳本，下面的地方，以便能夠運行開發版：

#!/bin/bash 
export R_LIBS=~/R-devel/library 
R "[email protected]"

這裏是一個腳本，自動保存腳本到你的〜/ bin /目錄：

cat <<EOF>~/bin/Rdev; 
#!/bin/bash 

export R_LIBS=$RDEVEL/library 
export PATH="$RDEVEL/bin/:\$PATH" 
R "\[email protected]" 
EOF 
chmod a+x ~/bin/Rdev

現在您可以簡單地運行Rdev，就好像您正在運行R一樣，您將擁有R的開發版本，該版本將在$RDEVEL/library中安裝軟件包。

來源

2015-07-02 09:40:31 January

運行穩定版本R的開發版本

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