發現其中一個速配關鍵字是一個CSV文件使用python

-1

這裏的CSV文件中使用的所有實例是Excel文件的樣子 http://i.stack.imgur.com/AB6TP.png

我需要的圖像查看成千上萬行，在標記爲Hit Definition的列中查找任何名稱爲「grapevine」的病毒。對於名稱爲「grapevine」的每個單詞，我需要編譯它提及的次數，長度範圍（列標記爲查詢長度，[2]）和讀取總和（列總讀數，[4] ）。

輸入： http://i.stack.imgur.com/AB6TP.png

輸出：

葡萄1 6 234-234234 45634

葡萄2 7 123-65432 12341

with open(argv[1], 'r') as f: 
    for line in csv.reader(f):  
      contig_name = line[0] 
      contig_length = line[3] 
      read_count = line[4] 
      hit_def = line[6] 

      try: 
        pattern = r'.\[(.*?)\].' 
        hit_sub = re.search(pattern, hit_def).group(1) 
        print hit_sub 

      except AttributeError: 
        hit_sub = hit_def 


        target.append([hit_sub])

這就是我到目前爲止我迷失在如何篩選名稱

來源

2015-07-01 Bowen Noack

你的模式是沒有意義的你的問題，也總結和line.count（」葡萄藤「）可能是足夠的 –

既然你失去了對如何過濾名稱，請嘗試：

re.findall("Grapevine",f)

來源

2015-07-01 23:16:57 ProfessorJones

發現其中一個速配關鍵字是一個CSV文件使用python

回答

相關問題