清除與R循環中的內存

循環過程中，內存和速度都很低。如果我在write.csv（）之後立即將gc()放入循環中，是否正確並有幫助？清除與R循環中的內存

圈我有：在需要的時候

for(i in seq_along(x) { 
.... 
.... 
write.csv(x, file=paste("C:/....",i,".csv",sep="")) 
}

來源

2014-05-23 Maximilian

我想你的意思是'糊（「C：/ ....」，我，名爲「.csv」 09月= 「」））'和'也x [[i]]'而不是'x'。考慮提供一些關於你在循環中做什麼的更多信息，你是否創建臨時對象然後刪除它們？ – alko989

不，實際上我正在做一些刮擦，這需要我一步一步來做。所以數據是分步存儲的。所有的作品，只是想知道在每個「i」存儲數據之後，我是否可以在循環中釋放一些內存。 – Maximilian

我不確定你爲什麼不能自己試試看看。不過，我的猜測是，如果有的話，它不會有太大的幫助。 – joran

垃圾收集器被自動調用。使用gc()調用垃圾收集器。我認爲，如果在循環中刪除對象，則只有在使用它時纔有意義。然後調用垃圾收集器可以提供幫助。從?gc引述：

「 [...]它可以是稱之爲‘GC’一個大對象已被刪除後，因爲這可以提示R鍵存儲器返回到操作系統有用的」

調用gc()會很費時間。我做了一個小測試，以檢查：

library(microbenchmark) 
library(ggplot2) 
lst <- rep(list(rnorm(10000)), 30) 

res <- microbenchmark(
    for(i in seq_along(lst)) { 
    write.csv(lst[[i]], file="delme.csv") 
    gc() 
    }, 
    for(i in seq(ll)) { 
    write.csv(lst[[i]], file="delme.csv") 
    }) 

levels(res$expr) <- c("with gc()","without gc()") 
autoplot(res)

enter image description here

如此看來，調用gc()每次可能不是一個好主意。當然，這很大程度上取決於你在迴路中做什麼。

只是一個預感：垃圾收集問題不會減慢你的代碼。您可以優化代碼的其他部分，例如使用*ply函數代替for循環有時可以提供幫助。

希望它能幫助，

亞歷

來源

2014-05-23 21:02:20 alko989

清除與R循環中的內存

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