awk split carry-over空格

下面的awk split似乎在輸出中的$ 4〜後面留下空白，我似乎無法阻止它。什麼是正確的語法？謝謝：）。awk split carry-over空格

輸入

chr1 955543 955763 + AGRN-6|pr=2|gc=75 
chr1 957571 957852 + AGRN-7|pr=3|gc=61.2 
chr1 970621 970740 + AGRN-8|pr=1|gc=57.1

電流輸出

chr1 955543 955763 + AGRN-6|gc=75 
chr1 957571 957852 + AGRN-7|gc=61.2 
chr1 970621 970740 + AGRN-8|gc=57.1 

gawk '{print gensub(/(^[^|]+)\|[^|]+([|][^+]+).*/,"\\1\\2","g",$0)}' input

編輯

chr1^I955543^I955763^I+ AGRN-6|gc=75$ 
chr1^I957571^I957852^I+ AGRN-7|gc=61.2$ 
chr1^I970621^I970740^I+ AGRN-8|gc=57.1$

期望

chr1^I955542^I955662^I+^IAGRN_70$ 
chr1^I955643^I955763^I+^IAGRN_71$ 
chr1^I957570^I957690^I+^IAGRN_72$

來源

2015-11-09 Chris

這只是該字段之前的選項卡，而不是原來似乎有的空間不是嗎？ –

什麼是編輯和期望應該向我們展示？關於你的輸入的東西？從某個工具輸出？ –

@Ed Morton'gawk'命令產生編輯，並且似乎在'$ 4'之後有一個空格。所需的沒有空間，但有一個標籤。謝謝：）。 – Chris

awk將重寫與指定OFS的行。如果您想保留輸入間距可以選擇帶有sed

sed -r 's/\|.*\|/\|/' file 
chr1 955543 955763 + AGRN-6|gc=75 
chr1 957571 957852 + AGRN-7|gc=61.2 
chr1 970621 970740 + AGRN-8|gc=57.1

來源

2015-11-09 19:10:42 karakfa

awk '{n=split($5, a, "|"); print $1,$2,$3,$4" "a[1]"|"a[3]}' OFS="\t" input

來源

2015-11-09 19:00:51 jayant

非常感謝大家:)。 – Chris

'sed'命令的輸出似乎在'$ 4'之後引入了空格而不是標籤，這是造成問題的原因。我在編輯的原始文章中發佈了輸出。謝謝：）。 – Chris

@Chris那麼在你的問題中'awk'命令有什麼問題？它似乎是在你需要的地方添加標籤。 – jayant

一個簡單的解決方案的另一個好奇awk替代：

awk '{print $1""$2}' FS='pr=[0-9]\\|' file

結果

chr1 955543 955763 + AGRN-6|gc=75 
chr1 957571 957852 + AGRN-7|gc=61.2 
chr1 970621 970740 + AGRN-8|gc=57.1

說明

FS的值可以是任何regex，所以我們可以使用pr=[0-9]|作爲分隔符並打印它之前和之後的字段。

來源

2015-11-09 19:24:29 klashxx

awk split carry-over空格

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