的Python：腳本進行多次的bash腳本

我有一個文件，叫做LIST.TXT，這是文件的名稱的列表：的Python：腳本進行多次的bash腳本

input1.txt 
input2.txt 
input3.txt

我想建立一個python腳本，這將使一個文件每個這些文件名。更確切地說，我需要它來打印一些文本，合併文件的名稱並將其保存到一個唯一的.sh文件中。我的腳本如下：

import os 
os.chdir("/Users/user/Desktop/Folder") 

with open('list2.txt','r') as f:  
    lines = f.read().split(' ') 

for l in lines: 
    print "#!/bin/bash\n#BSUB -J",l+".sh","\n#BSUB -o /scratch/DBC/user/"+l+".sh.out\n#BSUB -e /scratch/DBC/user/"+l+".sh.err\n#BSUB -n 1\n#BSUB -q normal\n#BSUB -P DBCDOBZAK\n#BSUB -W 168:00\n" 
    print "cd /scratch/DBC/user\n" 
    print 'grep "input"',l+" > result."+l+".txt" 

    with open('script{}.sh'.format(l), 'w') as output: 
     output.write(l)

我有幾個問題：

輸出文件只包含文件的名稱 - 不是我所打印的內容。

需要明確的是我的輸出文件（我應該有3個）應該是這樣的：

#!/bin/bash 
#BSUB -J input3.sh 
#BSUB -o /scratch/DBC/user/input1.sh.out 
#BSUB -e /scratch/DBC/user/input3.sh.err 
#BSUB -n 1 
#BSUB -q normal 
#BSUB -P DBCDOBZAK 
#BSUB -W 168:00 

cd /scratch/DBC/user 
grep "input" input3 > result.input3.txt

我很新的Python所以我假設有可能是印刷簡單得多的方式和插入我的文字。任何幫助將非常感激。

UPDATE 我現在已經做了下面的腳本，它幾乎可以工作。

import os 
os.chdir("/Users/user/Desktop/Folder") 

with open('list.txt','r') as f: 
    lines = f.read().split('\n') 

for l in lines: 
    header = "#!/bin/bash \n#BSUB -J %s.sh \n#BSUB -o /scratch/DBC/user/%s.sh.out \n#BSUB -e /scratch/DBC/user/%s.sh.err \n#BSUB -n 1 \n#BSUB -q normal \n#BSUB -P DBCDOBZAK \n#BSUB -W 168:00\n"%(l,l,l) 
    script = "cd /scratch/DBC/user\n" 
    script2 = 'grep "input" %s > result.%s.txt\n'%(l,l) 
    all= "\n".join([header,script,script2]) 

    with open('script_{}.sh'.format(l), 'w') as output: 
     output.write(all)

這個問題我還有的是，這4個創建腳本，而不是3如我所料：script_input1.sh，script_input2.sh，script_input3.sh和script_sh。最後一個，script_sh只是打印了文本，但沒有任何「輸入」文本所在的位置。我認爲這是因爲我的list.txt文件在其末尾有一個「\ n」？但是，我看起來真的沒有。有沒有解決的辦法？也許我可以使用某種長度函數？

來源

2017-10-11 m93

沒有必要運行真的使用Python，會不會有一個Bash腳本呢？ –

不，我真的很想在這種情況下使用Python。我知道Bash可以做到這一點。 – m93

正確的解決方案可能是將變量作爲參數傳遞給靜態腳本，而不是寫入大量帶有變量的靜態腳本。 – tripleee

所以，回答依次是：

1）你能詳細介紹這個問題？如果您只有3個由您的代碼生成的不同腳本，您可以統計4個txt文件？

2）當然，你需要創建一個變種，而不僅僅是用print語句 3）只需更改權限

所以，summurize，我會用這個辦法：

import os 
for i, file in enumerate(os.listdir("/Users/user/Desktop/Folder")): 
    if "input" in file: 
    with open(file) as f: 
     lines = f.readlines() 

     for l in lines: 
      data = "" 
      data += "#!/bin/bash\n#BSUB -J",l+".sh","\n#BSUB -o /scratch/DBC/user/"+l+".sh.out\n#BSUB -e /scratch/DBC/user/"+l+".sh.err\n#BSUB -n 1\n#BSUB -q normal\n#BSUB -P DBCDOBZAK\n#BSUB -W 168:00\n" 
      data += "cd /scratch/DBC/user\n" 
      data += 'grep "input"'+l+" > result."+l+".txt" 

      with open('script%s.sh'%i, 'w') as output: 
       output.write(data) 
      os.chmod("script%s.sh'%i", 700)

順便說一下，我的代碼只是一個猜測。我想你應該更明確地說明你的問題。我不明白你想達到什麼。

來源

2017-10-11 10:44:39 FrankBr

謝謝@FrankBr。要回答你的問題： 1）的確，我的list.txt文件只有3個文件（input1.txt，input2.txt和input3.txt）。但是，我目前的代碼製作了4個文件：「scriptinput1.sh」，「scriptinput2.sh」，「scriptinput3.sh」和「script？.sh」。起初，我認爲我的代碼正在創建第4個文件，因爲我在list.txt結尾處有一個換行符或空格。但是我刪除了任何空格和換行符，所以我很困惑。 2）這是有意義的變種。你能解釋一下在文件中輸入「if」是什麼嗎？ – m93

由於您在一個文件夾上循環，請務必選擇名稱中包含「輸入」的文件。但是如果你知道你的文件名，就放下那一行。我不明白這一點。 – FrankBr

謝謝。我會繼續尋找，因爲它仍然沒有工作。問題1已解決，但我使用變量來存儲文本不起作用。 Python告訴我你不能追加到元組變量。 – m93

另一種解決方案，而不是創建文件

script1.sh 
script2.sh 
script3.sh

等將是創建一個文件，文件script.sh

#!/bin/bash 
#BSUB -J "$1".sh 
#BSUB -o /scratch/DBC/user/"$1".sh.out 
#BSUB -e /scratch/DBC/user/"$1".sh.err 
#BSUB -n 1 
#BSUB -q normal 
#BSUB -P DBCDOBZAK 
#BSUB -W 168:00 

cd /scratch/DBC/user 
grep "input" "$1" > result."$1".txt

，並使用

script.sh input1 
script.sh input2 
script.sh input3

來源

2017-10-12 17:41:53

的Python：腳本進行多次的bash腳本

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