`在Fortran中用大型陣列重新定位被截斷以適合`錯誤

Question

我寫了一個Fortran 90代碼來從分子模擬數據中提取角度。 在這段代碼中，我使用了一個名稱爲all_parameter的模塊。在該模塊I所定義的陣列，例如：CH_Angles

INTEGER,PARAMETER :: totalFrames = 32000 
INTEGER,PARAMETER :: AAA=75 
REAL,DIMENSION(45:AAA,1:256,1:totalFrames) :: CH_Angles 

如果我使用的AAA = 75值，我可以編譯該代碼而沒有任何錯誤，我可以得到我想要的值。但是，如果我改變的AAA值是AAA=105，然後我得到一些錯誤信息，如下圖所示：

gfortran lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90 
/tmp/ccXOhMqQ.o: In function `__all_parameter_MOD_find_angle_ch': 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x35): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_x' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x48): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_y' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x5b): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_z' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x6e): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_x' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x81): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_y' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x94): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_z' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
/tmp/ccXOhMqQ.o: In function `__all_parameter_MOD_find_mid_point_vector': 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x126): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_x' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x139): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_y' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x14c): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_z' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x15f): relocation truncated to fit: R_X86_64_32S against symbol `__all_parameter_MOD_x' defined in .bss section in /tmp/ccXOhMqQ.o 
lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90:(.text+0x172): additional relocation overflows omitted from the output 
collect2: ld returned 1 exit status 
vijay@glycosim:~/Simulation-Folder-Feb2013/chapter5-thermo-paper2-Vj/thermo2-Analysis/analysis-bcm-/23_acf-tail-tilt-angle-bcm-thermo2/chain1/acf-chain1-CH-bcm-thermo-all-layers$ gfortran lipid-Tilt-Magnitude-thermo-cello.f90 

我也試過編譯此代碼與AAA不同的值。值爲80時，彙編無誤。但是，如果AAA是85，則編譯將停止並顯示錯誤消息。

我發現AAA = 82是限制值。任何超過82的AAA值都會給出錯誤。

我找不出導致錯誤的原因。

無論如何找到這個問題的解決方案嗎？

注意：我使用Ubuntu 11.10 64位gfortran編譯器和16 GB RAM內存。

Answer 1

你的陣列CH_Angles是推在大小千兆字節，所以指數算術打算推32位的限制。 我希望事情在這個尺寸上有點棘手。

Answer 2

如果我記得正確地，gfortran，像目前大多數Fortran編譯器，仍然默認爲4字節的整數即使在64位硬件。這意味着，尤其是，最大陣列索引將是2^31或2^32。由於多秩數組僅僅是一個排序1數組的便利包裝，所以我（或@MikeDunlavey）並不奇怪你的編譯器在爲你分配一個有很多元素的數組。

嘗試使用64位整數進行數組索引。您可以通過顯式設置爲那種他們要麼做到這一點，如

use, intrinsic :: iso_fortran_env, only : int64 
... 
INTEGER(int64),PARAMETER :: totalFrames = 32000 
INTEGER(int64),PARAMETER :: AAA=75 
REAL,DIMENSION(45_int64:AAA,1_int64:256_int64,1_int64:totalFrames) :: CH_Angles 

，或者通過使用編譯器標誌爲整數的默認大小設置爲64位。對於gfortran，這將是-fdefault-integer-8。

我不能保證這會爲gfortran工作，這是不是一個編譯器我經常使用，但它確實爲英特爾Fortran。

Answer 3

你得到的錯誤是由鏈接器，因爲靜態分配的塊的大小超過了哪些可以由32位尋址指令，這是2 GB解決的範圍內返回。這與使用32位還是64位整數索引數組無關 - 問題與靜態分配數組的總大小有關。這是在這裏詳細解釋說：

gfortran for dummies: What does mcmodel=medium do exactly?

爲了解決這個問題，因爲你已經注意到了，你可以用-mcmodel=medium或-mcmodel=large編譯代碼。然後允許靜態分配大於2 GB的數組。

處理這個問題的一個更好的方法，但涉及更多的工作，是動態分配任何大型數組。