擊（分）文件名比較失敗

在我的目錄我有文件（* fastq.gz.fasta）和目錄，名稱中包含文件名（* fastq.gz.fasta-blastdb）：擊（分）文件名比較失敗

IVC6_Meino.clust.gz.fasta-blastdb 
IVC5_Mehiv.clust.gz.fasta-blastdb 
.... 
IVC6_Meino.clust.gz.fasta 
IVC5_Mehiv.clust.gz.fasta 
....

在bash腳本中，我想比較文件名和直接使用後者的cut選項來提取文件名部分。如果這兩個名字匹配，我想做更多的事情（現在回聲匹配或不匹配）。我寫了下面的一段代碼：

#!/bin/bash 

for file in *.fasta 
do 
    for db in *-blastdb 
    do 
     echo $file, $db | cut -d '-' -f 1 
     if [[ $file = "$db | cut -d '-' -f 1" ]]; then 
      echo "match" 
     else 
      echo "no match" 
     fi 
    done 
done

但它不能檢測匹配。輸出看起來是這樣的：
...

IVC6_Meino.clust.gz.fasta, IIIA11_Meova.clust.gz.fasta 
no match 
IVC6_Meino.clust.gz.fasta, IVC5_Mehiv.clust.gz.fasta 
no match 
IVC6_Meino.clust.gz.fasta, IVC6_Meino.clust.gz.fasta 
no match

最後一行應閱讀比賽，你可以看到，該字符串看起來是一樣的。我錯過了什麼？

來源

2017-05-05 sci_cloudy

您可以使用parameter expansion這更容易做到：

for file in *.fasta 
do 
    for db in *-blastdb 
    do 
     echo "$file", "$db"   
     if [[ "${file%%.fasta}" = "${db%%.fasta-blastdb}" ]]; then 
      echo "match" 
     else 
      echo "no match" 
     fi 
    done 
done

如果你想解決你的問題是使用的$db | cut -d '-' -f 1隨着echo它出現是echo正在打印的管道。事實並非如此。正在打印cut。當你做[[ $file = "$db | cut -d '-' -f 1" ]]它相當於[[ $file = [return code from last pipe component] ]]

您需要使用$(..)殼構造捕捉管的輸出，你需要echo得到的$db內容來啓動管道。你應該引用"$db"，所以你沒有從變量的內容中分詞或匹配。

像這樣：

for file in *.fasta 
do 
    for db in *-blastdb 
    do 
     ts=$(echo "$db" | cut -d '-' -f 1) 
     echo "$file", "$ts" 
     if [[ "$file" = "$ts" ]]; then 
      echo "match" 
     else 
      echo "no match" 
     fi 
    done 
done    # this works I think -- not tested...

請小心用砸向你報價和自由的使用ShellCheck。

你有的結構也不是最有效的。對於*-blastdb中的每個文件，您將遍歷*-blastdb glob一次。如果你有很多文件，那可能會很慢。

爲了解決這一點，你可以重寫該環路與擊陣列（最好，如果你有擊4+）或使用awk：

ext1=.fasta 
ext2=.fasta-blastdb 
awk 'FNR==NR{ 
       s=$0 
       sub("\\"ext1"$","",s) 
       seen[s]=$0 
       next} 
       { 
       s=$0 
       sub("\\"ext2"$","",s) 
       if (s in seen) 
       print seen[s], $0 
       } 
       ' ext1="$ext1" ext2="$ext2" <(for fn in *$ext1; do echo "$fn"; done) <(for fn in *$ext2; do echo "$fn"; done)

每個水珠僅執行一次，並且awk是使用陣列來測試如果基名是相同的。

最好

來源

2017-05-05 14:40:12 dawg

擊（分）文件名比較失敗

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