在R上捕獲異常getGEO

Question

我正在使用R和GEOQuery包下載一組GEO配置文件。爲此，我使用以下指令：

library(Biobase) 
library(GEOquery) 
gdsAcc<-getGEO('GDS1245',destdir=".") 

它將GDS1245.soft.gz下載到指定的目錄中。

的問題是，一些GEO配置文件已被刪除，所以當我使用一個循環的上述指令和我帶着這樣的：在最後一種情況下

gdsAcc<-getGEO('GDS450',destdir=".") 

輪廓GDS450不存在所以它會拋出一個錯誤，程序停止。我想知道我該如何捕獲該錯誤，以便在該配置文件不存在的情況下，該程序將繼續尋找其他配置文件。

我的算法是這樣的：

for (i in 1:length_GEO_profiles){ 
    disease<-GEOname 
    gdsName<-paste("GDS",disease,sep="") 
    gdsAcc<-getGEO(gdsName,destdir=".") 
} 

任何幫助嗎？

感謝

Answer 1

你應該看看try和tryCatch。這裏有一個例子讓你開始：

for(i in 1:3) { 
    if(i == 1) 
    gdsAcc <- try(getGEO('GDS450',destdir=".")) 
    cat(i, "\n") 
} 

如果你想要做的事有錯誤，然後使用if聲明：

if(class(gdsAcc) == "try-error") cat("HELP") 

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