模擬來自經度和緯度的地理數據R

我想對我正在測試的模型進行一些模擬，這些模型同時具有系統發育和地理網絡。模擬來自經度和緯度的地理數據R

我希望獨立測試這些效果，以比較每個維度上的方法估計能力。但是，我無法生成顯示重要地理空間自動=相關性的連續變量。到目前爲止，我已經使用了年平均氣溫（這是國家級數據），但是這不允許我控制空間自相關的大小。它也有不知道空間自相關的真正價值的缺點。

我有一個經度和緯度點的列表，我想知道是否有一個簡單或常用的方法來生成一個連續的響應變量，它將顯示空間自動關聯，並能夠控制相關？然而，優選在R內，只要它們可以轉換成R兼容格式，其他方法也是可接受的。

任何意見，將不勝感激，請詢問是否有任何信息，你會發現有幫助。

來源

2013-10-25 SamPassmore

你可以給一個可重複的數據片段，並顯示你已經嘗試過？ –

在此處看不到任何代碼或數據。 –

我沒有提供任何代碼或數據，因爲我不認爲這是必要的問題。經緯度點數據集是我能夠提供的，這對於手頭的問題並無幫助，並且很容易模擬。 – SamPassmore

按照Dormann等人的方法（2007年），你可以做這樣的事情：

N <- 3000 
p <- 1/N 

# generate some points 
set.seed(1234) 
x.coord <- runif(N,0,100) 
y.coord <- runif(N,0,100) 
points <- cbind(x.coord,y.coord) 

# distance matrix between points 
Dd <- as.matrix(dist(points)) 

# weights matrix 
w <- exp(-p * Dd) 
Ww <- chol(w) 

# errors 
z <- t(Ww) %*% rnorm(N,0,1) 

# plot 
df <- data.frame(x = x.coord, y = y.coord, z = z) 
require(ggplot2) 
ggplot(df, aes(x = x, y = y, col = z)) + 
    geom_point() + 
    scale_colour_gradient(low="red", high="white")

其中變量p控制自相關的大小（在這裏我將它設置爲1/3000 = 0.000333）。 p = 0將無關聯。 enter image description here

參考文獻：Dormann，C.F.，McPherson，J.M。，Araujo，M.B。，Bivand，R.，Bolliger，J.，Carl，G.，Wilson，R.（2007）。在分析物種分佈數據時考慮空間自相關的方法：綜述。 Ecography，30（5），609-628。

來源

2013-10-25 11:12:27 EDi

嗨，謝謝 - 這正是我正在尋找的。我只是有一個問題重新評估p的規模。我使用Moran's I測試來測試相關程度，當我將p設置爲0（.01）時，得到一個零值（如你所建議的那樣），然而我得到的p值爲零，最高爲0.09，然後在0.095時我突然得到2.220446e-16的重要價值。你知道這是爲什麼嗎？ – SamPassmore

變量p設置與（歐幾里得）距離相關的下降。而2.220446e-16 ist實際上是0;） – EDi

對不起，我只是重讀一遍。你不應該在漫長的夜晚之後發表評論 - 他們讓你看起來很蠢。我的意思是，當使用Moran's I（或其他一些空間自相關顯着性檢驗）時，我該如何做出一個非顯着的結果？當使用R的ape軟件包中的Morans.I（）時，當p = 0.0001時，我仍然有顯着差異。我會認爲這不會產生重大影響。 – SamPassmore

模擬來自經度和緯度的地理數據R

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