遍歷一行中的字符並替換它們

Question

我一直在研究一個程序，它將一行代碼中的字符（hhhhhhhhhhhhhhhhghhhhhfhhhhhfffffeee [X] b [d [ed [[Y [^ Y，十進制ascii等效並替換結果行。這是我迄今爲止...

f2 = path to file 
if re.match('[AGNTC]{5}', line): 
    next_line = next(f2) 
    unilist.append(next(f2)) 

    for j in unilist: 
     j=[x for x in unilist if x] 
     g=[word.strip() for word in j] 
     g= ''.join(g) 

     for ch in g: 
      char= ord(ch) 
      char= int(char) 
      ch= str(char-33) 

一切正常，到了這一點。不久前我開始學習python，我只需要指針。我想根據它們對應的字符所在的位置將所有ch放在一個字符串中。文件f2看起來有點像：

@SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
TTGCCTGCCTATCATTTTAGTGCCTGTGAGGTGGAGATGTGAGGATCAGT 
+SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
hhhhhhhhhhghhghhhhhfhhhhhfffffeee[X]b[d[ed`[Y[^Y 

我想也許使用itertools的配對起來。我還需要用T，G，C和A來修改行，這樣如果ASCII碼小於20，相應的字符就會被N替換。正如我之前提到的，我只需要知道哪些工具會做最適合的工作，所有的建議和提示都會受到讚賞。

我曾嘗試：

for cha in g: 
    g.replace(str(cha), ch) 
    print(g) 

但是，它打印回到初始行。

編輯： 我已經解決了我的問題，其序列，但我需要知道如何配對值...

for cha in g: 
     char= ord(cha) 
     char= int(char) 
     ch= str(char-33) 
     mylist.append(ch) 
mylist=','.join(mylist) 
f1.write('%s\n' %mylist) 

編輯： 我試圖寫的有點：

def pairwise(iterable): 
    "s -> (s0,s1), (s1,s2), (s2, s3), ..." 
    a, b = tee(iterable) 
    next(b, None) 
    return zip(a, b) 
burp = random.randrange(0, 100000000000) 

f1 = open(path to file) 
f3=open(path to file3, 'w+') 

for line, next_line in pairwise(f1): 

     if re.match ('[AGTCN]{5}', line): 
      for ch in next_line: 
       if ch<str('20'): 
        for ch in line: 
         line.replace(ch,'N') 
      f3.write('%s' %line) 

     else: 
      if re.match(r'\d{1,1}', line): 
       line='' 
       f3.write('%s' %line) 

      else: 
       f3.write('%s' %line) 

但是，我想知道如何考慮兩條線上的分數和位置之間的'，'。眼下輸出有二號線，不修改或什麼...

編輯： 現在，我只需要找到N個實際上是在第二行基於ASCII碼「代替」的方式得分由我最近的編輯。

Answer 1

我相信你要做的是遍歷文件中的第二行和第四行，並根據第四行中字符的ASCII值改變第二行中的字符。

輸入：

@SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
TTGCCTGCCTATCATTTTAGTGCCTGTGAGGTGGAGATGTGAGGATCAGT 
+SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
hhhhhhhhhhghhghhhhhfhhhhhfffffeee[X]b[d[ed`[Y[^Y 

輸出：

@SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN 
+SRR566546.970 HWUSI-EAS1673_11067_FC7070M:4:1:2299:1109 length=50 
hhhhhhhhhhghhghhhhhfhhhhhfffffeee[X]b[d[ed`[Y[^Y 

Python的字符串是不可變（它們不能被修改）。讀入整個文件，將相關行轉換爲列表，檢查第四行中哪些字符的ASCII值大於53，然後用N的第二行覆蓋相應的字符。

# Read file, convert strings to lists 
fin = open("path/to/file") 
lines = fin.readlines() 
line2, line4 = list(lines[1]), list(lines[3]) 

# Make the changes to our lists 
for i, c in enumerate(line4): 
    if(ord(c) > 53): 
     line2[i] = 'N' 

# Overwrite line 2 
lines[1] = ''.join(line2) 

# Save back to the file 
fin.seek(0) 
for line in lines: 
    fin.write(line) 

fin.close()