AttributeError：'function'對象沒有屬性'Model'PySB

我剛剛安裝了PySB並試圖使其工作。我運行附帶下載文檔的示例，但它不起作用。AttributeError：'function'對象沒有屬性'Model'PySB

import pysb as psb 
from pysb.integrate import odesolve as psb 
from pylab import linspace, plot, xlabel, ylabel, show: 

psb.Model() 

# Declare the monomers 
psb.Monomer('L', ['s']) 
psb.Monomer('R', ['s']) 

# Declare the parameters 
psb.Parameter('L_0', 100) 
psb.Parameter('R_0', 200) 
psb.Parameter('kf', 1e-3) 
psb.Parameter('kr', 1e-3) 

# Declare the initial conditions 
psb.Initial(L(s=None), L_0) 
psb.Initial(R(s=None), R_0) 

# Declare the binding rule 
psb.Rule('L_binds_R', L(s=None) + R(s=None) <> L(s=1) % R(s=1), kf, kr) 

# Observe the complex 
psb.Observable('LR', L(s=1) % R(s=1)) 

if __name__ == '__main__': 
    print __doc__ 
    # Simulate the model through 40 seconds 
    time = linspace(0, 40, 100) 
    print "Simulating..." 
    x = psb.odesolve(model, time) 
    # Plot the trajectory of LR 
    plot(time, x['LR']) 
    xlabel('Time (seconds)') 
    ylabel('Amount of LR') 
    show()

的第一個錯誤我是psb.odesolve()：

AttributeError: 'function' object has no attribute 'Model'

您能指教？感謝

我試圖代碼從pysb.org，我得到了錯誤：

Traceback (most recent call last): 
    File "C:\Users\Ruda\Desktop\t2.py", line 33, in <module> 
    x = odesolve(model, time) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\integrate.py", line 298, in odesolve 
    solver = Solver(model, tspan, integrator, **integrator_options) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\integrate.py", line 86, in __init__ 
    pysb.bng.generate_equations(model) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\bng.py", line 261, in generate_equations 
    lines = iter(generate_network(model).split('\n')) 
    File "C:\Python27\lib\site-packages\pysb\bng.py", line 220, in generate_network 
    bng_file = open(bng_filename, 'w') 
IOError: [Errno 22] invalid mode ('w') or filename: '<interactive>_5136_5952_temp.bngl'

來源

2013-07-26 Kasia Kowalska

Full stacktrace。簡潔的例子。 – Marcin

這是什麼意思？你可以再詳細一點嗎？ –

追溯是從「Traceback（最近調用最後一次）：'開始的行到實際異常的行。中間步驟通常可以提供從異常消息本身不明顯的線索。 – Fredrik

看起來比在http://pysb.org/的例子一樣，你有輕微的語法錯誤和不同的進口。此外，PySB文件說，你要做的：

from pysb import * 
Model()

初始化的事情，那構建然後顯然會在您模塊的命名空間的model變量。我建議完全按照原樣複製pysb示例，並在開始調整之前驗證它是否正常工作。

來源

2013-07-26 17:18:01 Fredrik

嗨弗雷德裏克，我從pysb.org拿到了這個例子，結果完全一樣。 –

PySB開發人員在這裏。

的問題如下：

import pysb as psb 
from pysb.integrate import odesolve as psb 
psb.Model()

您已經導入pysb爲「公安局」，但你已經導入了功能odesolve 也爲PSB。因此，當你調用psb.Model（）時，它試圖調用函數odesolve的類構造函數「Model」。這就是爲什麼它給出了錯誤「'功能'對象沒有屬性'模型'」。

對於這個例子起見，我建議只是在做

from pysb import * 
from pysb.integrate import odesolve

，並在組件構造的正面除去PSB預選賽。

此外，我建議通過電子郵件[email protected]註冊pysb郵件列表！我們可以在那裏及時回答你的問題。如果您有任何其他問題，請告訴我們。

最佳，

約翰·巴克曼

來源

2013-08-11 20:47:04

另一個PySB開發商在這裏。約翰巴赫曼是正確的 - 在你的原始代碼中，你的第一個導入，import pysb as psb被第二個，from pysb.integrate import odesolve as psb遮蔽。只需刪除第二行中的as psb並將psb.odesolve更改爲odesolve即可。第三行末尾還有一個無用的冒號，需要刪除。我修復了這些問題，代碼運行良好。

關於您從pysb.org主頁獲得的示例代碼中的錯誤，它看起來像您已將代碼粘貼到交互式Python會話中。不幸的是，在該上下文中運行odesolve（）時存在一個錯誤。嘗試將示例代碼保存到.py文件並從命令行運行它。該錯誤將在下一個PySB版本中修復。

來源

2014-01-07 21:07:21

AttributeError：'function'對象沒有屬性'Model'PySB

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