爲什麼python不再等待os.system完成？

我有以下功能，它已經運行了好幾個月。我沒有更新我的Python版本（除非它發生在幕後？）。爲什麼python不再等待os.system完成？

def Blast(type, protein_sequence, start, end, genomic_sequence): 
    result = [] 
    M = re.search('M', protein_sequence) 
    if M: 
     query = protein_sequence[M.start():] 
     temp = open("temp.ORF", "w") 
     print >>temp, '>blasting' 
     print >>temp, query 
     temp.close() 
     cline = blastp(query="'temp.ORF'", db="DB.blast.txt", 
         evalue=0.01, outfmt=5, out=type + ".BLAST") 
     os.system(str(cline)) 
     blast_out = open(type + ".BLAST") 
     string = str(blast_out.read()) 
     DEF = re.search("<Hit_def>((E|L)\d)</Hit_def>", string)

我收到blast_out=open(type+".BLAST")找不到指定文件的錯誤。該文件被創建爲os.system調用所調用的程序輸出的一部分。這通常需要大約30秒左右才能完成。但是，當我嘗試運行該程序時，它會立即發出上面提到的錯誤。

我以爲os.system()應該等待完成？
我應該以某種方式強制等待嗎？（我不想硬編碼等待時間）。

編輯：我已經在命令行版本的BLAST程序中運行了cline輸出。一切似乎都很好。

來源

2012-12-27 Stylize

嘗試在'system'和'open'之間加入60秒的等待時間。如果問題仍然存在，那麼外部程序以某種方式失敗 –

您也可以從os.system調用中打印出返回值，這應指示程序是否失敗。通常是：0 =確定; > 0 = not OK –

此外，請考慮使用['subprocess']（http://docs.python.org/2/library/subprocess.html） - 它具有更好的處理系統調用產生的錯誤的能力，並且通常應該用[代替'os.system']（http://docs.python.org/2/library/subprocess.html#replacing-os-system）。 –

os.system確實在等待。但是在它所調用的程序中可能存在錯誤，所以文件不會被創建。在繼續之前，您應該檢查被調用程序的返回值。在一般情況下，程序應該返回0，當他們完成正常，另一個值時出現錯誤：

if os.system(str(cline)): 
    raise RuntimeError('program {} failed!'.format(str(cline))) 
blast_out=open(type+".BLAST")

而不是拋出一個異常，你也可以從Blast函數返回，或嘗試處理它用另一種方式。

更新：所謂的程序從命令行運行良好只告訴你，程序本身沒有錯。出現問題時，blast程序是否會返回有用的錯誤或消息？如果是這樣，請考慮使用subprocess.Popen()代替os.system，並捕獲標準輸出，以及：

prog = subprocess.Popen(cline, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) 
out, err = prog.communicate() 
# Now you can use `prog.returncode`, and inspect the `out` and `err` 
# strings to check for things that went wrong.

來源

2012-12-27 18:47:12

我不會在那裏使用'ValueError'。 –

你說得對。我將它改爲'RuntimeError'。 –

感謝您的建議。我沒有失敗。我嘗試從命令行運行BLAST程序，程序運行良好... – Stylize

你也可以取代電話與subprocess.check_call到使用os.system，如果命令失敗，將引發異常：

import subprocess as subp 
subp.check_call(str(cline), shell=True)

來源

2012-12-27 19:01:32 Misandrist

爲什麼python不再等待os.system完成？

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