如何解析Uniprot Dat文件以在python中檢索GO？

我嘗試過BioPython SeqIO和其他解析器，但找不到任何好的工具來解析DAT文件。如何解析Uniprot Dat文件以在python中檢索GO？

https://omics.pnl.gov/software/uniprot-dat-file-parser

我已經試過這一個，但他們沒有提供任何基因註釋

http://biopython.org/wiki/SeqIO

他們談論的大多是採取FASTA的投入，而不是DAT文件。

from Bio import SeqIO 
    for record in SeqIO.parse("Fasta/f002", "fasta"): 
...  print("%s %i" % (record.id, len(record)))

那些看起來像什麼Biopython調用"swiss"格式，在Swissprot它被調用的UniProt之前使用純文本格式。嘗試：

from Bio import SeqIO 
    for record in SeqIO.parse("example.dat", "swiss"): 
     print("%s %i" % (record.id, len(record)))

2017-08-01 13:48:48 peterjc

親愛的穆罕默德Zeeshan的格式表，

可以使用Python庫pyuniprot的查詢功能，以獲得序列（或其他許多東西）

安裝（使用pip或git克隆）和更新。找出哪種分類標識符適合您的生物體。這裏的例子（人類，小鼠，大鼠）。不要對所有生物進行全面更新（需要很長時間）。

pyuniprot.update(taxids=[9606, 10090, 10116])

使用下面的Python代碼爲您的問題：

假設1433E_HUMAN和A4_HUMAN感興趣的標識符：

Python代碼：

import pyuniprot 
query = pyuniprot.query() 
entries = query.entry(name=('1433E_HUMAN', 'A4_HUMAN')) 
seqs = [x.sequence.sequence for x in entries]

2017-08-28 16:30:33

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