Alignement算法

我有一個代碼來寫學校的基礎上的Needleman & Wunsch比對算法。我寫基於什麼老師告訴我們的算法，所以也許不是100％相同的Needleman & Wunsch算法。Alignement算法

我連接到數據庫，得到2串，並與他們合作。我創建一個矩陣，大小[N + 1] [N + 1]的第一列和具有間隙（-1）初始化線。

public String[] AlgoNeedWunsch(){ //construction de la matrice (initialisation des gap puis comparaison) 
    int i,j, init = 0; 
    StringBuilder aligne1 = new StringBuilder(); 
    StringBuilder aligne2 = new StringBuilder(); 

    matrice = new int[sequence1.length()+1][sequence2.length()+1]; 

    for(i = 0; i < sequence1.length()+1; i++){ 
     matrice[i][0] = init; 
     init --; 
    } 

    for(i = 0, init = 0; i < sequence2.length()+1; i++){ 
     matrice[0][i] = init; 
     init --; 
    } 


    for(i = 1; i <= sequence1.length(); i++){ 
     for(j = 1; j <= sequence2.length(); j++){ 
      if(sequence1.charAt(i-1) == sequence2.charAt(j-1)){ 
       matrice[i][j] = matrice[i-1][j-1] + 1; // si match, on ajoute le socre diag +1 
      } 
      else{ 
       if(matrice[i-1][j] > matrice[i][j-1]) 
        matrice[i][j] = matrice[i-1][j]-1; 
       else 
        matrice[i][j] = matrice[i][j-1]-1; 
      } 
     } 
    } 

//debut de l'alignement 

for(i = sequence1.length(), j = sequence2.length(); i > 0 || j > 0;){ 
     if(i > 0 && matrice[i][j] == matrice[i-1][j] + 1){ 
      aligne1.append(sequence1.charAt(i-1)); 
      aligne2.append("-"); 
      i--; 

     } 
     else if(j > 0 && matrice[i][j] == matrice[i][j-1] + 1){ 
      aligne2.append(sequence2.charAt(j-1)); 
      aligne1.append("-"); 
      j--; 

     } 
     else if(i > 0 && j > 0 && matrice[i][j] == matrice[i-1][j-1]){ 
      aligne1.append(sequence1.charAt(i-1)); 
      aligne2.append(sequence2.charAt(j-1)); 
      i--; 
      j--; 
     } 
    } 

    return new String[]{aligne1.reverse().toString(), aligne2.reverse().toString()}; 
} 
}

但是，當我嘗試運行這個，它看起來像它永遠不會結束。我是Java初學者，所以我不知道我是否錯過了一些東西，或者它只是我算法中的一個問題。

非常感謝您的幫助。

來源

2017-02-15 Bouji