R中的簡單對應分析 - 並非所有對象都出現在圖中？

我覺得這可能是一個愚蠢的問題，但我花了很長時間尋找答案，似乎無法找到一個答案。甚至很難知道要搜索什麼，所以如果這是你知道的其他地方回答，鏈接就是我所需要的。R中的簡單對應分析 - 並非所有對象都出現在圖中？

但是，我正嘗試在R中使用純素食包做一個簡單的CA，它工作正常。然而，我生成的情節只顯示了60個「網站」，實際上我有135個。有人知道爲什麼會發生這種情況嗎？我需要能夠顯示所有的對象。我的代碼如下

library(vegan) 
CPUE.matrix <- read.csv("CPUE_Matrix_CA.csv", header=TRUE, row.names=1) 
cpue.ca <- cca(CPUE.matrix) 
plot(cpue.ca, type="n") 
points(cpue.ca, display = "sites", cex = 1.3, bg=labels, pch=20, col="red") 
text(cpue.ca, display = "spec", cex=0.9, col="black")

爲了給你的就是我的數據看起來像一個想法：

head(CPUE.matrix) 

     Black.Rockfish Brown.Rockfish Copper.Rockfish Pacific.Cod 
1974_G57  0.000000  0.0000000  0.4731183  0.00 
1974_H66  0.000000  1.6666667  2.0000000  0.00 
1974_H67  0.000000  0.0000000  0.0000000  0.00 
1974_H78  2.726236  0.0000000  2.6171869  0.00 
1974_H79  0.000000  0.5660377  0.0000000  0.00 
1974_H80  0.000000  0.1600000  0.0000000  0.08 
     Quillback.Rockfish 
1974_G57   0.5677419 
1974_H66   0.6666667 
1974_H67   0.6037736

的數據是5種魚類，135個地點，並在每單位漁獲努力每個物種的在單元格中的每個位置。當我繪製時，沒有足夠的位置出現在劇情中。

來源

2012-12-20 HFBrowning

您是否檢查過在您的'cpue.ca'對象中存在135個網站？它們中的任何一個在你的情節中是否相互重疊？ –

'nrow（scores（cpue.ca，display = sites）））'說什麼？ –

你可以發佈一個可重複的例子的機會是什麼？否則，我們都只是猜測：http://tinyurl.com/reproducible-000 –

只是爲了解決這個問題：就像在coments線程中一樣，事實證明很多網站都是互相重疊的。正如在其他SO問題中提到的那樣，使其更明顯的一種方法是以部分透明度進行繪圖。這樣，重疊的項目會比單個項目顯得更暗。例如，請參閱R: Scatterplot with too many points

來源

2012-12-21 12:44:04

R中的簡單對應分析 - 並非所有對象都出現在圖中？

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