自動化bgzip和tabix命令

Question

我有大量的文件，其擴展名爲.vcf。

對於每一個我想申請這些命令的文件：

bgzip -c file.vcf > file.vcf.gz 
tabix -p vcf file.vcf.gz 

我已經能夠自動化的第一線，但是當涉及到第二個我不知道如何着手。

for i in $(ls); do gzip -c $i > "${i}.gz"; done 

第二線似乎並沒有被這種方式工作：

tabix -p vcf *.vcf.gz 

Answer 1

你爲什麼不這樣做呢？

for i in *; do gzip -c "$i" > "${i}.gz"; tabix -p vcf "${i}.gz"; done 

通知適當的引述第一$i和avoiding ls的。

Answer 2

試試這個

find -name '*.vcf' -exec gzip {} \; -exec tabix -p vcf {}.gz \;