如何將地層信息添加到genind

Question

我已經從包含SNP信息的表創建了一個genind對象。

我需要將人口信息插入這個genind。

我知道哪些個人（通過數字標識）應該進入每個人羣。

我該如何選擇正確的個體並將它們放入不同的羣體？

Answer 1

在提問時做出可重複的示例總是有幫助的。

首先，加載必要的庫（肯定它adegenet）
library(adegenet)

首先讓等位基因
alleles <- paste0("0",1:4)

座的設定數量的矢量製作一些假的數據，人均個人，人口數量

nloci <- 10 
nind <- 10 
npops <- 2 

使用for循環，使假的數據集

i <- NULL 
out <- NULL 
for(i in 1:npops){ 
    #there are nind*nloci genotypes in each population 
    #make a 
    gts <- replicate(n = nind*nloci, 
        expr = paste0(sample(x = alleles,size = 1,replace = T), 
           sample(x = alleles,size = 1,replace = T))) 
    gts <- as.data.frame(matrix(data = gts, 
           nrow = nind, ncol = nloci, byrow = T)) 
    #making generic locus colnames() 
    colnames(gts) <- paste("locus_",1:nloci) 
    out <- rbind(out,gts) 
} #end of for loop 
head(out) 

現在轉換是data.frame成genind

obj <- df2genind(out, ploidy=2, ncode=2) 
obj 

注意，row.names（）被認爲是個人的ID

現在對於設置的人口，現在注意它的空白

obj@pop 

你只需要一個向量，代表不滿對應每個人的人口。

選項1

如果您的個人ID由人口聚集（如1-10是從POP1和11-20來自POP2），那麼這樣的事情應該工作

pops<- paste0("pop",1:npops) 

設置使用媒介種羣，確保它的一個因素

obj@pop <- as.factor(rep(pops,each=nind)) 
obj@pop 

選項2

如果包含您的SNP信息的原始數據幀（表格）也包含人口信息，則可以使用該數據幀作爲您的向量。如果out看起來像這樣

out$pops <- sample(x = pops,size = nrow(out),replace = T) 
head(out) 

那麼你就可以使用該列作爲載體

obj@pop <- as.factor(out$pops) 
obj@pop 

選項3

另外，如果你有另外的表使你能夠確定哪些人相當於哪些人口，那麼你使用這些信息。它假定第二個表（data.frame）是相同的行數作爲out

下面是一個例子第二表

df <- data.frame(pops = rep(pops,each=nind), 
       id = sample(x = 1:nrow(out),size = nrow(out),replace = F)) 
head(df) 

注意，ID是不是爲了，但他們在out並因此在obj，所以需要df他們以正確的順序後，要由df$id

df <- df[order(df$id),] 
head(df) 

下令

obj@pop <- as.factor(df$pops) 
obj@pop