2014-10-27 68 views
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我是新來的Linux,並得到了這個基本問題,,,提取物行基於從另一個文件中的值 - LINUX

我想提取基於另一個文本從文本文件-A行含有基因名稱(ABD,GHE)

值文件-B,以便輸出將是

chr gene start stop pval 
    2 ABD 5667 5789 0.03 
    5 GHE 4556 4784 0.34 

文件甲

chr gene start stop pval 
1 xic 455 467 0.005 
2 ABD 5667 5789 0.03 
5 GHE 4556 4784 0.34 

文件B

ABD 
GHE 

感謝 中號

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人們會提出awk解決方案,但你可以做的最好的事情就是使用Python並且很高興。 – 2014-10-27 19:42:01

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謝謝,但我正在一個Linux服務器上...爲什麼我是特定的 – MrMsarguru 2014-10-27 19:43:17

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Linux是操作系統的類型。 Awk和Python是可以在其上運行的程序。儘管如此,我認爲'read line'循環和'grep'將是一個受歡迎的答案。你使用bash作爲shell嗎? – JNevill 2014-10-27 19:45:10

回答

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這個怎麼樣?

head -n 1 A ; grep -f B A 
chr gene start stop pval 
2 ABD 5667 5789 0.03 
5 GHE 4556 4784 0.34 
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排序感謝這麼多! – MrMsarguru 2014-10-27 20:56:22

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現在將文件引導到輸出我會用>>右? – MrMsarguru 2014-10-27 21:51:23

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輸出到一個文件...是的。一個會覆蓋現有的文件,>>會附加。但這應該是一個新問題:} – tink 2014-10-27 21:53:09

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