Python包：Bioservices，使用錯誤Unichem的（）命令

Question

我以下網頁上的教程： http://pythonhosted.org/bioservices/compound_tutorial.html

一切工作順利，直到我到了下面的命令：

uni = UniChem() 

，然後我收到該錯誤消息：

Traceback (most recent call last): 
    File "<stdin>", line 1, in <module> 
    File "P:\Anaconda\lib\site-packages\bioservices\unichem.py", line 84, in __init__ 
    maxid_service = int(self.get_all_src_ids()[-1]['src_id']) 
TypeError: list indices must be integers, not str 

作爲最低工作示例：

from bioservices import * 
uni = UniChem() 

然後我收到錯誤消息。我理解錯誤（大部分），但我不知道如何解決它。所以我的問題是如何解決這個功能或解決它？

總體目標是將1000個藥物名稱（希望在不久的將來會更多）列表映射到Chembl ID。

Answer 1

您看到的錯誤可能與以下事實有關：當您嘗試連接到UniChem服務時，它因維護而關閉，或者花費太多時間進行初始化。結果是服務沒有啓動，因此你得到了錯誤信息。

我只是試着（bioservices 1.2.6）

from bioservices import * 
uni = UniChem() 

和它的工作。以下要求也起作用：

>>> mapping = uni.get_mapping("kegg_ligand", "chembl") 
'CHEMBL278315'