根據特定條件在矩陣中選擇多個觀測值

我對R接口非常陌生，但需要使用該程序才能運行相關分析以獲得我的臨牀博士論文。所以，如果這是一個新手問題，請提前道歉。根據特定條件在矩陣中選擇多個觀測值

我有一個β甲基化值的矩陣，其維度如下：485577x894。矩陣的行名稱是指以非數值和非遞增順序排列的cpg站點（例如「cg00000029」「cg00000108」「cg00000109」「cg00000165」），而列名稱是指也是非參與者ID - 數值和非升序（例如「11209」「14140」「1260」「5414」）。

我想確定哪些β甲基化值> 0.5，以便我可以將它們排除在進一步分析之外。這樣做，我需要數據保持矩陣格式。我所做的所有嘗試來進行這種分析都導致檢索整型變量而不是矩陣格式的數據。

如果有人能夠請我告訴我進行此分析的代碼，我將非常感激。

謝謝你的時間。

乾杯，

艾麗西亞

來源

2014-01-24 user2828469

首先檢查了這一點。 http://stackoverflow.com/questions/5963269/how-to-make-a-great-r-reproducible-example。假設你的矩陣是'dat'，你可以告訴R用'dat [dat> 0.5] < - NA'將矩陣中大於0.5的任何東西轉換爲'NA'。現在，根據分析，您可以使用忽略「NA」的方法。例如，請參閱''mean'中的'na.rm' –

另請參閱此資源：http://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-intro.html –

非常感謝爲了您的迴應，真的很感激。我會看看你推薦的鏈接。乾杯，艾麗西婭 – user2828469

set.seed(1)        # so example is reproduceable  
m <- matrix(runif(1000,0,0.6),nrow=100) # 100 rows X 10 cols, data in U[0,0.6] 
m[m>0.5]<-NA       # anything > 0.5 set to NA 
z <- na.omit(m)       # remove all rows with any NA's

來源

2014-01-24 18:51:21 jlhoward

非常感謝您的回覆，非常感謝！我會嘗試你推薦的命令！ – user2828469

根據特定條件在矩陣中選擇多個觀測值

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