在R中分配最大非零元素的稀疏矩陣

Question

我期待通過提供矩陣的維數m x n以及我期望擁有的非零元素的數量來預先分配R中的稀疏矩陣（使用simple_triplet_matrix）。 Matlab有函數「spalloc」（見下文），但是我還沒有能夠在R中找到相同的結果。有什麼建議嗎？ S = spalloc（m，n，nzmax）創建一個大小爲m乘n的全零稀疏矩陣S，空間容納nzmax個非零值。

Answer 1

儘管在R中預先分配一個傳統的密集矩陣可能是有意義的（同樣，預先分配一個規則（原子）向量而不是一個接一個地增加它的大小效率要高得多，我很確定它將不工資預分配稀疏矩陣中R，在大多數情況下。 爲什麼？ 對於密集矩陣，可以分配，然後分配「一塊一塊的」，例如， m[i,j] <- value 對於稀疏矩陣，但是這是非常不同：如果你做了類似 S [i，j] < - 值 內部代碼必須檢查[i，j]是否是exis （通常不爲零）。如果是這樣，它可以更改的值，但其他方式，三角形(i,j, value)需要存儲和這意味着擴展當前的結構等。如果你一塊一塊地做，它是低效的......大多數情況下，如果你已經做了一些預分配或者不做分配的話。

如果，另一方面，你已經事先知道所有的[i,j]組合，其中將包含非零，你可以「預分配」，但在這種情況下， 只存儲載體i和長度的j例如nnzero。然後使用您的基礎「算法」還構建包含所有相應的value的相同長度的向量，即條目。 現在的確如@Pafnucy所建議的那樣，使用spMatrix()或sparseMatrix()這兩個稍微不同的相同功能版本：根據其內容構建一個稀疏矩陣。

我很樂意進一步幫助，因爲我是Matrix包的維護者。