使用Bash腳本通過java代碼運行多個文件

Question

我有一些用於分析文件的代碼，代碼設置爲使用以下命令行輸入在/ home/john/Dropbox /博士/ MultiFOLDIA /目錄：

的Java MultiFOLDIA_IMODE1 complex.1.pdb /家庭/ JOHN/Dropbox的/博士/ MultiFOLDIA /姿勢/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_complex.1.pdb_IMODE1.txt> /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log

我想在/ home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses /目錄中的每個文件上運行該命令，並嘗試使用以下腳本：

#!/bin/bash 

poses=(~/home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/*) 

for f in "${poses[@]}"; do 
java MultiFOLDIA_IMODE1 "$f" /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_"$f"_IMODE1.txt > /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log 
done 

它不工作，我想我不理解如何從數組中提取文件名並以這種方式使用它們。

Answer 1

~/已經是/home/john。因此~/home/john可能不存在。

這應該讓你更接近你的目標：

cd /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ 

for pdb in *.pdb 
do 
    echo "Processing $pdb" 
    java MultiFOLDIA_IMODE1 "$pdb" ./ T0868_T0869 ../T0868_T0869_"$pdb"_IMODE1.txt >> ../MultiFOLDIA_IMODE1.log 
done 

Answer 2

這應該工作。

find /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ -maxdepth 1 -type f -exec java MultiFOLDIA_IMODE1 '{}' /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/Poses/ T0868_T0869 /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/T0868_T0869_'{}'_IMODE1.txt >> /home/john/Dropbox/PhD/MultiFOLDIA/MultiFOLDIA_IMODE1.log \; 

另外，當重定向輸出使用>>而不是>時。 >截斷文件，並在最後你會從上次執行 僅記錄例如：

$ echo a > test.txt 
$ echo a > test.txt 
$ cat test.txt 
a 

$ echo a >> test.txt 
$ echo a >> test.txt 
$ cat test.txt 
a 
a