從python執行一個R腳本

我有一個R腳本，可以創建一對圖。我希望能夠從python執行這個腳本。從python執行一個R腳本

我第一次嘗試：

import subprocess 
subprocess.call("/.../plottingfile.R", shell=True)

這給了我下面的錯誤：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied 
126

我不知道是什麼數126的手段。我的所有文件都在桌面上，因此我不認爲需要任何特殊權限？我認爲這個錯誤可能與cwd = none有關，但我改變了這一點，但仍然有錯誤。

接下來，我嘗試了以下內容：

subprocess.Popen(["R --vanilla --args </.../plottingfile.R>"], shell = True)

然而，這也給了我一個錯誤有：

/bin/sh: Syntax error: end of file unexpected.

最近我嘗試：

subprocess.Popen("konsole | /.../plottingfile.R", shell = True)

此開設了一個新的Konsole窗口但沒有運行R腳本。此外，我收到以下錯誤：

/bin/sh: /.../plottingfile.R: Permission denied

謝謝。

來源

2011-07-14 Arnold

當您從命令行運行無w/o python時，此腳本是否工作？ – wespiserA

http://stackoverflow.com/questions/37350886/simple-way-to-pass-directory-to-r-script-using-python/37351221#37351221 – BMW

你試過chmod u+x /pathTo/Rscript.R？

來源

2011-07-14 03:34:21 wespiserA

首先，請確保在您可以訪問的地方使用platttingfile.R腳本。通常它是相同的目錄。

我在互聯網上看到有一個實用工具叫做RScript，它用於從命令行執行R腳本。因此，爲了運行腳本，你會使用Python這樣的：

import subprocess 
retcode = subprocess.call(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'])

這將成功完成後即返回retcode 0。如果您的plottingfile.R正在返回某種輸出，它將在STDOUT上拋出。如果它拉起一些圖形用戶界面，那麼它會出現。

如果你想捕獲輸出和錯誤，你做這樣的：

import subprocess 
proc = subprocess.Popen(['/path/to/RScript','/path/to/plottingfile.R'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE) 
stdout, stderr = proc.communicate()

來源

2011-07-14 03:41:19

這對我有效。在下面的[鏈接]（http://stackoverflow.com/questions/11679936/python-subprocess-arguments）中，請看到採取正常命令行並在字符串上使用split（）創建精確數組的巧妙方法Popen期待着。 – jatal

東西喜歡這個工作通常對我來說：

subprocess.Popen("R --vanilla /PATH/plottingfile.R", shell = True)

來源

2011-07-14 07:19:00 fransua

殼牌錯誤126是執行錯誤。

權限被拒絕意味着您有一個「權限問題」具體。

轉到該文件並確保R/Python能夠訪問它。我第一次嘗試了這一點：

$sudo chmod 777 /.../plottingfile.R

如果代碼運行，給它正確的，但不易進入的許可。

如果這不起作用，請嘗試將R更改爲Rscript。

來源

2012-07-19 20:05:01

從python執行一個R腳本

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