R：heatmap.2更改顏色鍵

Question

我對包gplots有疑問。我想使用的功能heatmap.2，所以我想我的色鍵對稱點從0更改爲1。通常，當symkey=TRUE並使用col=redgreen()，一個彩條被創建，其中的顏色都是這樣管理：

red = -2 to -0.5 
black=-0.5 to 0.5 
green= 0.5 to 2 

現在我想創建這樣一個彩條：

red= -1 to 0.8 
black= 0.8 to 1.2 
green= 1.2 to 3 

是這樣的可能嗎？

謝謝！

Answer 1

如果你看看the heatmap.2 help file，它看起來像你想breaks參數。從幫助文件：

breaks（可選）要麼使用指示用於合併x轉換成顏色，或在斷裂點的整數分割點的數值向量，在這種情況下，斷點將被等間隔在最小（x）和最大（x）之間

因此，您使用breaks指定每種顏色的截止點。例如：

library(gplots) 

# make up a bunch of random data from -1, -.9, -.8, ..., 2.9, 3 
# 10x10 
x = matrix(sample(seq(-1,3,by=.1),100,replace=TRUE),ncol=10) 

# plot. We want -1 to 0.8 being red, 0.8 to 1.2 being black, 1.2 to 3 being green. 
heatmap.2(x, col=redgreen, breaks=c(-1,0.8,1.2,3)) 

關鍵是breaks=c(-1,0.8,1.2,3)是你的臨界值。