創建多元相似度圖形

Question

我想學習和R在多元數據集執行譜​​聚類。我有9個獨立變量和1個二進制因變量。

作爲第一步到譜聚類，我需要創建從給定的數據集（I具有約1000的觀察結果）的曲線圖。因爲我剛剛開始，我並不在意創建圖的方法，但如果它使用k最近的鄰居，它會更好。

我碰到一個功能nng在其中創建圖形軟件包cccd來了。 我用下面的：

knnGraph<-nng(as.matrix(data[2:10]),k=3) 

這運行正常，只是當我嘗試使用plot(knnGraph)以可視化的圖形，我收到以下錯誤：

Error in layout.norm(layout, -1, 1, -1, 1) : 
    `layout' should have 2 or three columns 

我不知道如何進行， 任何幫助將非常感激。 我也試圖找到一個循序漸進的教程來實現R中的譜聚類，但無法找到它。任何指向任何此類資源的指針都將非常感謝。

Answer 1

看來好像NNG希望至少一個二維矩陣。這個例子似乎運行

library(cccd) 
data<-runif(50) 
knnGraph<-nng(matrix(data[2:10], ncol=2),k=3) 
plot(knnGraph) 

注意，我改變as.matrix到matrix並添加nol=2給它一個第二個維度。我從來沒有使用該功能，也不是包之前，所以我不知道什麼是真正想在該參數的，但它看起來像由as.matrix(data[2:10])是不會削減它返回的9X1矩陣。