使用rpy2與IPython筆記本？

Question

是否可以在IPython筆記本電腦上使用rpy2（調用ggplot2），然後保存它們（並像其他筆記本電腦一樣在其他筆記本電腦上共享http://nbviewer.ipython.org/）？將rpy2 ggplots顯示在筆記本中和/或以交互方式是否有任何挑戰？如果有人能夠提供一個示例會話並在ipython中使用rpy2在筆記本中創建一個ggplot2圖的輸出將會很有幫助。

Answer 1

它可能與使用rpy2的rmagic擴展。雖然你似乎需要print()這個數字來顯示它。以下是一個示例會話：http://nbviewer.ipython.org/5029692

如果您更願意直接使用rpy2，則必須有可能。看看rpy2 documentation for ggplot2。要將它放入筆記本中，可以使用PNG/SVG設備，然後從Python端讀取（這是rmagic的功能）。

Answer 2

這是寫在沒有在rmagic看代碼。 他們有一個更聰明的方式來做到這一點（我有11行代碼）。

import uuid 
from rpy2.robjects.packages import importr 
from IPython.core.display import Image 

grdevices = importr('grDevices') 
def ggplot_notebook(gg, width = 800, height = 600): 
    fn = '{uuid}.png'.format(uuid = uuid.uuid4()) 
    grdevices.png(fn, width = width, height = height) 
    gg.plot() 
    grdevices.dev_off() 
    return Image(filename=fn) 

要嘗試：

from rpy2.robjects.lib import ggplot2 
from rpy2.robjects import Formula 
datasets = importr('datasets') 
mtcars = datasets.__rdata__.fetch('mtcars')['mtcars'] 
p = ggplot2.ggplot(mtcars) + \ 
    ggplot2.aes_string(x='mpg', y='cyl') + \ 
    ggplot2.geom_point() + \ 
    ggplot2.geom_smooth() + \ 
    ggplot2.facet_wrap(Formula('~ am')) 

ggplot_notebook(p, height=300)