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的數量如何找到number of of each 2 consecutive characters AA, AC,AG,AT,CC,CA...
在這樣的順序:字符串在Perl匹配,找到匹配
$sequence = 'AACGTACTGACGTACTGGTTGGTACGA'
重疊是不允許即$順序從左至右AA CG TA CT包含.. ..和不AA AC CG ......
的數量如何找到number of of each 2 consecutive characters AA, AC,AG,AT,CC,CA...
在這樣的順序:字符串在Perl匹配,找到匹配
$sequence = 'AACGTACTGACGTACTGGTTGGTACGA'
重疊是不允許即$順序從左至右AA CG TA CT包含.. ..和不AA AC CG ......
@result = $subject =~ m/[ACTG][ATGC]/g;
print scalar(@result);
編輯,因爲你完全改變了你的問題:
use strict;
my $subject = "AACGTACTGACGTACTGGTTGGTACGA";
my %results =();
while ($subject =~ m/[ACTG][ATGC]/g) {
# matched text = $&
if(exists $results{$&})
{
$results{$&}++
}
else
{
$results{$&} = 1;
}
}
foreach (sort keys %results) {
print "$_ : $results{$_}\n";
}
輸出:
AA : 1
CG : 3
CT : 2
GA : 1
GG : 2
TA : 3
TT : 1
最後編輯:希望...感謝@canavanin
use strict;
my $subject = "AACGTACTGACGTACTGGTTGGTACGA";
my %results =();
while ($subject =~ m/[ACTG][ATGC]/g) {
# matched text = $&
$results{$&}++
}
foreach (sort keys %results) {
print "$_ : $results{$_}\n";
}
我想了''...在這個問題意味着其他序列。 – Matteo
yes AA AT AG AC CC CG CT CA TA TC TG TT GA GC GT GG – AWRAM
@Matteo我想,OP應該以某種方式擴展它,或給出他想要匹配什麼的另一種描述。 – FailedDev