如何將簡單結構的xml文件轉換爲csv？

我有幾百的XML文件非常簡單的結構：如何將簡單結構的xml文件轉換爲csv？

NM_000016 3.87178e-09 3:7.8009e-248 14:1.1621e-262 

NM_000018 5.49001e-12 9:1.06231e-154 

NM_001032295 2.5366e-10 14:4.46519e-286 30:1.70136e-17 31:1.26709e-268

我想將它們轉換成CSV文件，這是從原來的略有不同：

NM_000016 3.87178e-09 3 7.8009e-248 14 1.1621e-262 

NM_000018 5.49001e-12 9 1.06231e-154 

NM_001032295 2.5366e-10 14 4.46519e-286 30 1.70136e-17 31 1.26709e-268

的區別是：「：」在「3：7.8009e-248」內被刪除，數字「3」「7.8009e-248」被分配到兩列。

如何在R中有效地做到這一點？非常感謝！

來源

2013-10-30 Paul.jl

詢問代碼的問題必須證明對所解決問題的最小理解。包括嘗試解決方案，爲什麼他們沒有工作，以及預期的結果。另請參閱：堆棧溢出問題清單。 – villecoder

'XML :: xmlToDataFrame'和'utils :: write.csv' –

您的示例XML看起來不像XML。 XML通常有很多標誌。 – Spacedman

沒有真正看到你正在使用的是什麼，這裏有一個建議：

首先，一些樣本數據：

X <- tempfile() 
cat("NM_000016 3.87178e-09 3:7.8009e-248 14:1.1621e-262", 
    "NM_000018 5.49001e-12 9:1.06231e-154", 
    "NM_001032295 2.5366e-10 14:4.46519e-286 30:1.70136e-17 31:1.26709e-268", 
    sep = "\n", file = X)

使用read.table與fill = TRUE（因爲你的數據似乎是不平衡）。

Y <- read.table(X, header = FALSE, fill = TRUE) 
Y 
#    V1   V2    V3    V4    V5 
# 1 NM_000016 3.87178e-09 3:7.8009e-248 14:1.1621e-262     
# 2 NM_000018 5.49001e-12 9:1.06231e-154        
# 3 NM_001032295 2.53660e-10 14:4.46519e-286 30:1.70136e-17 31:1.26709e-268

使用我的「splitstackshape」包列方便地拆分成多列。

library(splitstackshape) 
Z <- concat.split.multiple(Y, c("V3", "V4", "V5"), ":") 
Z 
#    V1   V2 V3_1   V3_2 V4_1   V4_2 V5_1   V5_2 
# 1 NM_000016 3.87178e-09 3 7.80090e-248 14 1.16210e-262 NA   NA 
# 2 NM_000018 5.49001e-12 9 1.06231e-154 NA   NA NA   NA 
# 3 NM_001032295 2.53660e-10 14 4.46519e-286 30 1.70136e-17 31 1.26709e-268

當然，從這裏，它只是write.csv寫入新版本到CSV文件。

來源

2013-10-30 18:09:07 A5C1D2H2I1M1N2O1R2T1

在我的情況：X <-myfile.xml，read.table（）適用於這樣的X.非常感謝！你們是一個很好的幫助！ –

正如傑克所說，使用XML :: xmlToDataFrame和utils :: write.csv將有助於如果你的XML文件是正確的。如果沒有，你可能不得不求助於正則表達式查找標籤內的文本，建立數據幀，然後使用write.csv

來源

2013-10-30 16:22:23 AwokeKnowing

不要求正則表達式。訴諸用'package：XML'解析XML和所有其他函數。 http://stackoverflow.com/questions/1732348/regex-match-open-tags-except-xhtml-self-contained-tags/1732454#1732454 –

是的，但似乎他的「XML」文件列沒有標籤的數據。 – AwokeKnowing

沒錯。通過查看這些xml文件的內容，他們看起來像txt文件，沒有任何東西像 –

如何將簡單結構的xml文件轉換爲csv？

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