作品在命令行上而不是在一個shell腳本

Question

我這行

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o output 

了-S和-B之間的破折號應該指示的程序，它是從標準輸入。我可以從命令行上的perl腳本運行它，但只要我嘗試將其移入shell腳本，它就會創建文件而不輸出任何數據。任何想法將不勝感激。

Answer 1

在shell腳本中單引號裏面的$一個不會被擴大：

for a in {1..22} do 
    samtools view -h AD3.sorted.bam | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S - -b -o chr$a.bam 
done 

Answer 2

如果您還沒有看過，請看samtools FAQ。這裏有一些例子可以用來處理你想要對你的管道做類似的事情。

它已經有一段時間，因爲我用samtools，但我會寫你的命令是這樣的：

samtools view -h file | awk '$3=="chr$a" || /^@/' | samtools view -S -b - > output.bam 

另外你提到你搬到命令shell腳本。 shell腳本是否在做其他事情？如果它仍然不起作用，我會張貼，讓我們看看。