我只是嘗試這樣的命令:如何在命令行中使用qsub和Python?
qsub python commandLineDouble.py 1 10 1
,並收到此錯誤:
Unable to read script file because of error: error opening python: No such file or directory
我跑這個計算集羣上通常可以qsub
.csh
文件相當精細。
我只是嘗試這樣的命令:如何在命令行中使用qsub和Python?
qsub python commandLineDouble.py 1 10 1
,並收到此錯誤:
Unable to read script file because of error: error opening python: No such file or directory
我跑這個計算集羣上通常可以qsub
.csh
文件相當精細。
我的印象是qsub
行爲不同,從羣集到羣集。然而,在我的經驗,我總是剛剛做:
qsub myscrip.sh
注意,這是不同於:
qsub bash myscript.sh
qsub csh myscript.csh
換句話說,qsub
是圍繞一個殼wapper(通常是一個特定的外殼,但是因爲shell的類似,這通常不是問題),而不是圍繞任意命令。這裏最簡單的解決方法是隻要把你的命令在shell腳本,並提交:
#qsub directives here
#wrapper.sh
python commandLineDouble.py 1 10 1
現在你只是做qsub wrapper.sh
和鮑勃是你的叔叔(假設你的集羣的並行環境蟒蛇安裝...)。
哇 - 非常感謝!我現在有一堂課要去,但我會真的嘗試一下,看看結果如何! – InquilineKea
@InquilineKea我認爲這將起作用(至少這用於在我的qsub進程中工作)。如果有效,請接受答案。 – pranshus
嗯 - 可悲 - 它不工作呢...振亞提出了一個關於「哪個python」的qsub,但沒有顯示任何東西.. – InquilineKea
使用-s選項
$ qsub -S $(which python) commandLineDouble.py 1 10 1
你試過echo "script.py <args>" | qsub
?
在PBS Pro,您需要的,如果你要提供一個實際的命令行而不是一個腳本使用雙連字符:
的qsub - 蟒蛇commandLineDouble.py 1 10 1
哼,你有沒有嘗試單獨運行python? 「錯誤打開python」在這裏看起來不太好: -/ –
我認爲'qsub'正在尋找名爲'python'的腳本在shell中運行。我不認爲'qsub'會運行任意命令。 – mgilson
單獨運行Python對原始系統完全正常工作。但我想知道是否還有一個單獨的qsub的Python實例嗎? – InquilineKea