2012-12-11 29 views
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我只是嘗試這樣的命令:如何在命令行中使用qsub和Python?

qsub python commandLineDouble.py 1 10 1 

,並收到此錯誤:

Unable to read script file because of error: error opening python: No such file or directory

我跑這個計算集羣上通常可以qsub.csh文件相當精細。

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哼,你有沒有嘗試單獨運行python? 「錯誤打開python」在這裏看起來不太好: -/ –

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我認爲'qsub'正在尋找名爲'python'的腳本在shell中運行。我不認爲'qsub'會運行任意命令。 – mgilson

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單獨運行Python對原始系統完全正常工作。但我想知道是否還有一個單獨的qsub的Python實例嗎? – InquilineKea

回答

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我的印象是qsub行爲不同,從羣集到羣集。然而,在我的經驗,我總是剛剛做:

qsub myscrip.sh 

注意,這是不同於:

qsub bash myscript.sh 
qsub csh myscript.csh 

換句話說,qsub是圍繞一個殼wapper(通常是一個特定的外殼,但是因爲shell的類似,這通常不是問題),而不是圍繞任意命令。這裏最簡單的解決方法是隻要把你的命令在shell腳本,並提交:

#qsub directives here 
#wrapper.sh 
python commandLineDouble.py 1 10 1 

現在你只是做qsub wrapper.sh和鮑勃是你的叔叔(假設你的集羣的並行環境蟒蛇安裝...)。

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哇 - 非常感謝!我現在有一堂課要去,但我會真的嘗試一下,看看結果如何! – InquilineKea

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@InquilineKea我認爲這將起作用(至少這用於在我的qsub進程中工作)。如果有效,請接受答案。 – pranshus

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嗯 - 可悲 - 它不工作呢...振亞提出了一個關於「哪個python」的qsub,但沒有顯示任何東西.. – InquilineKea

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使用-s選項

$ qsub -S $(which python) commandLineDouble.py 1 10 1

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你試過echo "script.py <args>" | qsub

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在PBS Pro,您需要的,如果你要提供一個實際的命令行而不是一個腳本使用雙連字符:

的qsub - 蟒蛇commandLineDouble.py 1 10 1