SPARQL查詢子類的首選名稱及其頂級上層類

Question

我是SPARQL的新手。我希望獲得首選的名字，以及他們的頂級上級，以及他們的同義詞Radlex ontology, as hosted at BioPortal。

和輸出我想看看： output

期限：等於密度 subClassOf：密度描述 同義詞：isodens，同等密度，等密度

它看起來像，下面的代碼解決了我的問題，但仍需要進行一些修改。因爲，它帶來了所有的上層階級，但我只想要一個上層階級。

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 

SELECT DISTINCT ?concept ?subClassOf 
WHERE 
{ GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL> 
    { ?term a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ; 
     <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?concept 
    } 
    ?term rdfs:subClassOf ?upperClass. 
    ?upperClass <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?subClassOf. 
} LIMIT 10 OFFSET 10 

Answer 1

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> 
PREFIX radlex: <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwlDlComponent#> 

SELECT DISTINCT ?term ?name ?synonym ?subClassOf ?subClassOf_name 
FROM <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RID> 
WHERE 
{ 
?term radlex:Preferred_name ?name . 
?term radlex:Synonym ?synonym . 
?term rdfs:subClassOf ?subClassOf . 
?subClassOf radlex:Preferred_name ?subClassOf_name 
} LIMIT 10 

Answer 2

看起來你的主要困難之一是找到從哪裏開始，或者如何指定Radlex子類的根。

我對Radlex沒有經驗，最近我還沒有使用Bioportal。當我在Protege中打開Radlex本體時，它的類層次對我來說看起來很合理。但是來自Bioportal終點的結果令人驚訝。

例如，RID5635「硬幣」是RID5633「個人物品」的一個子類，並且是radlex_metaclass的實例，但不貓頭鷹的實例：類，同時我也會用OBO期待鑄造本體。它看起來並不像所有來自radlex_metaclass的Radlex子類，這樣就使得它棘手得到所有的子類有一個三重圖案像

?s a owl:Class 

它也不會看起來像Bioportal端點支持RDFS屬性的路徑，所以我們也不能要求

?s a rdfs:subClassOf* <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID1> 

因此，我不能保證，這個查詢將返回所有在Radlex子類的...只是所有radlex_metaclass立即子類的

最後，正如AKSW指出的那樣，http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#是本體的名稱，而不是超類。它沒有子類，也不是我在本答案頂部描述的根本查找問題的解決方案。

我添加了一個命名的圖形限制，但是這可能沒有做任何事情，通過詢問http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass實例尚未完成。

SELECT DISTINCT * 
WHERE 
    { GRAPH <http://bioportal.bioontology.org/ontologies/RADLEX_OWL> 
     { ?radlexclass a <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#radlex_metaclass> ; 
      <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#Preferred_name> ?prefName 
     } 
    } 

給出這樣

+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 
|        radlexclass        |        prefName        | 
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID19012> | "posterior root of left first sacral nerve"       | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23593> | "nerve to third posterior cervical intertransversarius"    | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID11053> | "hydrophilic wire"             | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5825> | "right"                | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID18947> | "posterior root of sixth cervical nerve"       | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID16116> | "set of short association fibers of telencephalon"     | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23701> | "left third thoracic nerve"           | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID23274> | "ascending branch of meningeal branch of right second sacral nerve" | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID25244> | "right intermediomedial nucleus"         | 
| <http://bioontology.org/projects/ontologies/radlex/radlexOwl#RID5699> | "coalescent"              | 
+------------------------------------------------------------------------+---------------------------------------------------------------------+ 

等