用「sample（）」形成Wright-Fisher環

我想創建一個簡單的循環來生成遺傳漂移的Wright-Fisher模擬，用sample()函數（我實際上並沒有使用這個函數，但在我的天真中，這似乎是正確的方式）。我知道sample()基於某些概率從矢量中隨機選擇值。我的目標是創建一個系統，繼續運行，從連續集合中隨機選擇。例如，如果它需要一些原始的值集合並對第二個集合進行採樣，我希望循環從第二集合中採用另一個隨機採樣（使用前面定義的概率）。用「sample（）」形成Wright-Fisher環

我想只是學習如何以一種非常一般的方式來做到這一點。因此，具體的概率和元素在這一點上是任意的。唯一重要的事情是：（1）每一個元素都可以重複;（2）每個賴特 - 費希爾的集合的大小必須保持不變。舉一個例子，我一直在玩如下：

V <- c(1,1,2,2,2,2)  
sample(V, size=6, replace=TRUE, prob=c(1,1,1,1,1,1))

遺憾的是，我的問題是，我沒有任何代碼，但正是因爲分享我不知道如何開始寫這種的循環。我知道for()循環被用來多次重複一個函數，所以我的猜測是從那裏開始。但是，從我研究過的這些內容看來，你必須從一個變量（通常是i）開始。在這個抽樣中，我沒有任何變數顯然明顯;這並不是說不能彌補。

來源

2016-03-21 sawghol

如果你想從替代共iter迭代人口抽樣反覆，你可以使用一個for循環：

set.seed(144) # For reproducibility 
population <- init.population 
for (iter in seq_len(iter)) { 
    population <- sample(population, replace=TRUE) 
} 
population 
# [1] 1 1 1 1 1 1

數據：

init.population <- c(1, 1, 2, 2, 2, 2) 
iter <- 100

來源

2016-03-21 18:28:31 josliber

用「sample（）」形成Wright-Fisher環

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