使用tr ///運算符來計算字符串中的字母

我想要計算序列或字符串中A，C和G的數量。我寫了下面的代碼。使用tr ///運算符來計算字符串中的字母

但是，當我打印的值，只有A的打印。 C和G顯示爲零。在下面的代碼中，我評估A的第一個，但是如果我通過評估C的第一個來切換順序，我得到C的值，但是現在A和G被打印爲零。

誰能告訴我我的代碼有什麼問題嗎？謝謝！

#! /usr/bin/perl 

use strict; 
use warnings; 

open(IN, "200BP_junctions_fasta.faa") or die "Cannot open the file: $!\n"; 
while(<IN>) 
    next if $_ =~ /\>/; 
    my $a = ($_ = tr/A//); 
    my $c = ($_ = tr/C//); 
    my $g = ($_ = tr/G//); 
    print "A:$a, C:$c, G:$g\n"; 
}

文件如下所示：

> A_Seq 
ATGCTAGCTAGCTAGCTAGTC 
> B_Seq 
ATGCGATCGATCGATCGATAG

來源

2012-03-14 Jordan

更改$_ = tr/到$_ =~ tr/。此外，你錯過了while的大括號。

來源

2012-03-14 19:57:26 N13

謝謝。這是一個菜鳥的錯誤。 – Jordan 2012-03-14 20:17:43

因爲'5'沒有任何'C' s或'G' s在裏面。你是分配的翻譯值$_到$_。如果你綁定（$_ =~ tr//）的操作到$_，你會得到你想要的結果。

但你真的不需要將綁定到上下文變量。綁定使您可以將正則表達式或轉換操作應用於其他變量。你會更好的寫作：

my $a = tr/A//; 
my $c = tr/C//; 
my $g = tr/G//;

但是你可以像這樣做，太：

$_{$_}++ foreach m/[ACG]/g; 
say "A:$_{A}, C:$_{C}, G:$_{G}";

來源

2012-03-14 19:58:08 Axeman

open(IN, "input") or die "Cannot open the file: $!\n"; 
while(<IN>) { 
    next if $_ =~ /\>/; 
    my $a = @{[m/(A)/g]}; 
    my $c = @{[m/(C)/g]}; 
    my $g = @{[m/(D)/g]}; 
    print "A:$a, C:$c, G:$g\n"; 
}

來源

2012-03-14 20:08:21 perreal

，你需要結合運營商的答案，=~而不是分配operat0r ，=，或者您不需要綁定默認變量。

最近，我一直在使用printf爲這些事情：

while(<DATA>) { 
    next if /\>/; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", tr/A//, tr/C//, tr/G//; 
    }

我常常希望的是tr///可以插值，所以我可以寫這篇文章，它不起作用：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $_\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { $line =~ tr/$_// } qw(A C G); 
    }

請注意，如果我在while中使用了默認變量，我將會碰到更多的煩惱$_。我知道我可以做一個eval，但是這不僅更加麻煩，但l4m3：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $_\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { eval "\$line =~ tr/$_//" } qw(A C G); 
    }

我不應該知道的實施細則，雖然如此，我能夠繼續前進，爲一個子程序，直到我能弄清楚如何擺脫eval，雖然額外的子程序調用可能大數據改寫（munging）減緩：

while(my $line = <DATA>) { 
    next if $line =~ /\>/; 
    print "Line is $line\n"; 
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { count_bases($line, $_) } qw(A C G); 
    } 

sub count_bases { eval "\$_[0] =~ tr/$_[1]//" }

很可能有一些聰明的辦法XOR字符串，如果你不喜歡tr///，但我從來沒有花了很長時間才弄清楚（不是說它會比你已經做的更好）。

來源

2012-03-15 00:48:50

使用tr ///運算符來計算字符串中的字母

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