2015-10-27 131 views
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for i in ../fromXP/splite_files/F1*.fasta 
do 
    ./Repeatmasker $i > "${i%.fasta}"_output.txt 
done 

我有一個文件夾splite_files其中包含F1_1.fasta,F1_2.fasta,.... F1_20533.fasta。 現在,我正在檢查每個fasta文件的重複並將結果輸出到F1_1_output.txt。 但是,上面的命令只給我../fromXP/Split_files/F1_1_output.txt而不是F1_1_output.txt 請給我一些建議。謝謝!只提取文件名而不是路徑+文件名

+5

[basename](http://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/basename.html) –

回答

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for f in "${FILES[@]}"; 
do 
    bname=$(basename "$f" .fasta); 
    echo "./RepeatMasker $f > ${bname}_output.txt" >> runfile.txt; 
done 

這就是我解決這個問題。 謝謝!

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