ape-phylo

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我一直在使用BEAST運行祖先狀態的重建，這給了我這樣的 #NEXUS Begin taxa; Dimensions ntax=93; Taxlabels adan1251 blag1240-nule wers1238-marit ; End; Begin trees; Translate

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正常化R中的系統發育樹

在處理R中的系統發育樹數據時（特別是使用「phylo」或「phylo4」對象時），將分支長度標準化以使某些分類羣（進化更快的分類羣）不要爲樹提供不成比例的分支長度。這在計算UniFrac值時似乎很常見，可以在這裏討論：http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。（然而，我需要的不僅僅是UniFrac值）。但是，我找不到執行此標準化步驟的函數。我看了猿，皮

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在R循環中跳過慢任務

我試圖在R中運行一個模擬，在那裏我製作了一大堆系統發育樹。樹模擬有點問題，因爲它的運行時間變化很大，有時候是0.005秒，有時是幾分鐘。我想避免緩慢的樹木，所以我試圖使用evalWithTimeout來跳過它們。到目前爲止，我遇到了問題，因爲我無法在不殺死循環的情況下殺死緩慢的任務。我的問題與this question類似，但該問題的解決方案對我沒有幫助。 library(TreeSim) l

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環R {猿} CLUSTAL找不到clustalw2

我在R.初學者我想用[R CLUSTAL功能包猿處理我的DNA序列，這樣我就可以與我們聯繫{PEGAS}進行進一步的分析。然而，當我第一次嘗試手冊中提供的示例： clustal(woodmouse, pw.gapopen = 1, pw.gapext = 1, exec = "clustalw2") 但我得到一個錯誤信息： /bin/sh: clustalw2: command not f

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floating.pie錯誤，同時使用nodelables從猿包

我得到一個錯誤而使用所述王牌功能的ARD模型中R的錯誤是在floating.pie.asp 錯誤（XX [I] ，YY [I]，餡餅[I]，半徑= xrad [I]，COL = piecol）： floating.pie：x值必須是非負 library(ape) library(phylobase) tree <- read.nexus("data1.nexus") plot(tree)

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如何在Mac OSX上從R中的原始形態數據創建Newick樹格式

我試圖教自己如何爲R中的歷史語言學做系統發育。我找到了一個公共數據集（https://www.cs.rice.edu/~nakhleh/CPHL/IEDATA_112603），並且我想要從它得到一個Newick格式的樹，以便我可以按照這些指示將其可視化：https://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTrees。我在Max OS 10.12.6上運行R 3.

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如何通過節點或葉子中的標籤摺疊系統發生樹中的分支？

我已經構建了一個蛋白質家族的系統發育樹，可以將其分爲不同的組，根據受體的類型或反應類型對每個蛋白質進行分類。樹中的節點被標記爲受體的類型。在系統發育樹中，我可以看到屬於相同組或類型受體的蛋白質聚集在同一分支中。因此，我想摺疊這些具有共同標籤的分支，並按給定的關鍵字列表對其進行分組。的命令應該是這樣的： ./collapse_tree_by_label -f -l phylogenetic_tr

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當保存到devSVG時，如何在R ape包中的系統發生樹中更改提示標籤的字體系列？

我有幾個從Newick格式導入R的進化樹。我正在使用ape包通過plot.phylo命令繪製樹。我希望能夠將提示標籤的字體系列（不僅尺寸，我可以用cex或顏色與col）更改爲等寬。 plot命令確實帶有family參數，但是當我通過family="mono"時沒有任何反應。我試圖將它包括在par中，但都沒有成功。 library(ape) tr <- rtree(10) plot(tr)

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將系統發育樹與x，y圖結合

我正試圖將一個系統發育樹排列到顯示一組相關生物體的生理數據的圖上。像下面的圖片。這是從2個獨立的圖形放在一起。我想它可以完成這項工作，但我希望創建一個單一的圖像，我認爲這將更容易格式化爲一個文檔。我能夠使用ggplot2生成我想要的圖形，並使用ape導入樹形圖。我認爲應該有一種方法將樹保存爲圖形對象，然後使用gridExtra中的gridarrange函數將其與圖形進行排列。問題是，猿不會讓我的樹