burrows-wheeler-transform

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通常在Burrows-Wheeler轉換算法中，$字符用於表示字符串的結束，但在很多情況下，這個$被忽略。我想知道如何在不知道最後一個字符的位置的情況下顛倒它？例如，我有這樣BWT： [[[[[1- [[11endgnad1234245ndbnbbb]]]]]]] nnnngnabbbdiaaaiaaii 該算法之後，我很容易構建BWT矩陣的第一列，我選擇以壓縮方式表示如下： Characte

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用於移動到前變換的快速算法

我正試圖找到用於前移到最前變換的最快算法。例如與挖洞輪車改造結合使用。目前爲止，我已經管理的最好的Core i3 2.1GHz芯片大約15MB/s。但我相信這不是最佳的。這是我迄今爲止的最大努力。有什麼更快的嗎？ class mtf256_x { typedef unsigned char u8; typedef unsigned l

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修改並添加到Haskell中的列表

我在Haskell中實現了Burrows-Wheeler轉換。作爲變換的第一步，將生成所有循環字符串的組合並存儲在矩陣中。我使用Haskell List來構造矩陣。該列表將原始單詞存儲在列表頭上，並將其循環組合存儲在尾部。 Here is an Example of a transformed word 我已經寫輸出所述第一循環串的函數。但是，如果我再次將該函數作爲遞歸調用，則會面臨無限循環。下

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Burrows-Wheeler變換（BWT） - 存儲數據

使用BWT後，我們需要在編碼數據中使用哪組數據？我們是否需要編碼（或導出）後綴數組？輸入： stackoverflow BWT輸出： wtavrcfkle$soo 後綴數組： 13, 2, 3, 7, 9, 4, 10, 5, 11, 8, 0, 1, 6, 12

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在Burrows-Wheeler轉換之前分析一個字符串？

如果我們將這個aaabccba作爲我們的輸入字符串，那麼baaacacb將作爲對輸入應用Burrows-Wheeler轉換後的輸出字符串。觀察輸出，你會看到兩個分組c分開。很明顯，輸入字符串將導致比輸出更好的壓縮。如何決定是否對輸入字符串應用Burrows-Wheeler轉換？我們可以做一些快速分析來做出決定嗎？

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變換反向挖洞輪車

我已經實現前進挖洞輪車的變換變換（BWT）。現在的問題是我無法相反。考慮號碼： p = [3 2 5 3 1 4 2 6] BWT的前鋒： fbwt = [3 3 4 5 6 1 2 2] index = 5 反向的方式是：請幫助我的人。

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在Lua中快速實施BWT

local function fShallowCopy(tData) local tOutput = {} for k,v in ipairs(tData) do tOutput[k] = v end return tOutput end local function fLexTblSort(tA,tB) --sorter for tabl

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帶有hadoop流式傳輸的BWA工具

Burrows-Wheeler Aligner（BWA）是一種生物信息學工具（算法），可將短核苷酸序列映射到參考基因組。我曾嘗試使用Hadoop Streaming運行BWA，但遇到錯誤。命令： hadoop/bin/hadoop jar $HADOOP_HOME/contrib/streaming/hadoop-streaming-1.1.1.jar -input /user/hduser/b

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哪種算法最適合Burrows-Wheeler變換？

看來很多實現BWT的壓縮器都將它與算術編碼或霍夫曼編碼一起使用。（隨意提名更多，尤其是如果他們更好的話。）我的第一個問題是：爲什麼字典編碼器，比如LZW或LZSS，與BWT一起使用會更糟？我的第二個問題是：哪個是最好的全能算法？

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在移動到前端變換和BWT之後有效應用運行長度變換？

我是新來的編碼，所以我想了解基礎知識。我遇到了一個描述無損文本壓縮技術的文檔，並且在這個文檔中有一個圖形說明了它們的壓縮是如何工作的。它的工作原理就像這樣： Source -> BWT -> MTF -> RLT -> Proprietary Entropy Encoder 我不明白爲什麼他們會用前移後運行長度變換變換，它似乎並沒有有效的給我。據我瞭解，MTF本身不會產生許多運行，因此使用RL