用3個變量在R中創建圖

我一直在遵循Little Book of R中的分析步驟。這是一個很好的教程，但要運行的東西，它和許多其他教程需要以某種方式組織數據。用3個變量在R中創建圖

我的數據結構是這樣的（一個很小很小的樣本）A：

Phylum Confidence Time Seq_ID Environment Dataset 
Acidobacteria 0.801 5 >3134898 Marine 4440037.3 
Bacteroidetes 0.812 6 >3066473 Marine 4440037.3 
Acidobacteria 0.828 5 >3085551 Gut 4440038.3 
Firmicutes 0.830 4 >3087676 Coral 4440036.3

我想一個好辦法，

一）陰謀爲每個環境細菌門的時間。我意識到這意味着我需要爲每個門創建一個情節。（見plots）

b。通過兩個不同門的環境繪製時間，然後我將通過環境對顏色進行編碼。（請參閱plots）

我知道我可以基於環境和細菌創建新的數據框，但我無法將它正確地合併到使用第三個變量（時間）的繪圖中。

new_df = myDF[(myDF$Environment=='Marine') & (myDF$Phylum=='Acidobacteria'),]

我已經試過幾件事情......

p <- ggplot(myDF, aes(Environment, Time)) 
p + geom_boxplot(aes(fill = Environment))

它創建了一個情節，但這並不考慮到門（例如，我想每個門獨立的情節）。

或者這...

for (i in environment) #this is a list I created 
{ 
    for (j in phyla) #this is a list I created 
    { 
     #stats_df = myDF[(myDF$Environment==i) & (myDF$Phylum==j),] 
     plot(myDF[[j]], myDF[[i]], xlab=NULL, ylab='Time') 
     } 
}

這一個得到錯誤

Warning in min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf 
Warning in max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf 
Warning in min(x) : no non-missing arguments to min; returning Inf 
Warning in max(x) : no non-missing arguments to max; returning -Inf 
Error in plot.window(...) : need finite 'xlim' values 
Calls: plot -> plot.default -> localWindow -> plot.window 
Execution halted 

shell returned 1

但即使它沒有情節，它仍然不考慮時間變量。我真正想弄明白的是如何在劇情中使用三個變量。

來源

2013-10-12 cer

您能否澄清一下您的數據集的結構以及您希望生成的圖。在第二個圖中，似乎是門的名字（sensu第二個數據集）顯示爲數值變量。第一個數據集（Phylum）中的第一個變量的值與第二個數據集中的'Environment'變量相似。 – Henrik

肯定亨裏克。我清理了這個帖子。 – cer

你能告訴我們你試過的密碼嗎？ [詢問代碼的問題應該包括嘗試解決方案，爲什麼他們不工作，以及預期的結果]（http://stackoverflow.com/help/on-topic）。謝謝。 – Henrik

假設門是可變的

library(ggplot2) 
g<- ggplot(myDF, aes(Environment, Time)) 
g + geom_point() + facet_grid(. ~ phylum)

enter image description here

library(ggplot2) 

g<- ggplot(df1, aes(Environment, Time)) 
g + geom_point() + facet_grid(phylum ~ .)

enter image description here

請參閱here對細節的一個因素。

來源

2013-10-12 22:58:32 Metrics

謝謝，這讓我更加接近。我正在處理〜40個不同的門和20個環境。這種方法將會形成一個緊湊的情節。我會繼續閱讀，不過謝謝你。 – cer

如果你想找什麼，你能接受這個答案嗎？ – Metrics

您的回覆 - 雖然有用（謝謝）並不完全符合我的要求（請參閱地塊鏈接）。我仍然在與其他方法搏鬥。如果最終，你的迴應做到了我所需要的（有些修補），我會爭取到那個大的複選標記，然後把它放在桌子上，就像是一張多米諾骨牌。 – cer

用3個變量在R中創建圖

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