send2cy在Rstudio中不起作用〜Cyrest，Cyotoscape

Question

當我在R studio中運行「send2cy」函數時，出現錯誤。

# Basic setup 
library(igraph) 
library(RJSONIO) 
library(httr) 
dir <- "/currentdir/" 
setwd(dir) 
port.number = 1234 
base.url = paste("http://localhost:", toString(port.number), "/v1", sep="") 
print(base.url) 

# Load list of edges as Data Frame 
network.df <- read.table("./data/eco_EM+TCA.txt") 

# Convert it into igraph object 
network <- graph.data.frame(network.df,directed=T) 

# Remove duplicate edges & loops 
g.tca <- simplify(network, remove.multiple=T, remove.loops=T) 

# Name it 
g.tca$name = "Ecoli TCA Cycle" 

# This function will be published as a part of utility package, but not ready yet. 
source('./utility/cytoscape_util.R') 

# Convert it into Cytosccape.js JSON 
cygraph <- toCytoscape(g.tca) 

send2cy(cygraph, 'default%20black', 'circular') 

Error in file(con, "r") : cannot open the connection 
Called from: file(con, "r") 

但是當我使用「send2cy」功能從終端R（運行R.從終端只是「R」呼叫）我沒有發現錯誤。

歡迎任何建議。

Answer 1

我使用網絡數據和實用程序腳本的本地副本以及更新的文件路徑測試了您的腳本。這個腳本在R Studio中運行得很好。

鑑於您看到的錯誤消息「文件錯誤...」我懷疑問題是與您的本地文件和文件路徑......以某種R Studio特定的方式？

供參考：Cytoscape的R腳本的更新，整合和更新集可在此處獲得：https://github.com/cytoscape/cytoscape-automation/tree/master/for-scripters/R。我認爲任何事情都沒有發生重大變化，但也許嘗試在新的背景下解決您所面臨的問題。