在R中調用OpenBUGS不起作用

我一直在試圖運行R代碼來使用OpenBugs。它一直工作到昨天，我不知道我做了什麼，它開始顯示一些錯誤。然後我決定看看一些簡單的例子是否適用。所以我嘗試了R2WinBUGS vignettes中的學校示例。在R中調用OpenBUGS不起作用

文件schools.txt的模型是

sink("schools.txt") 
cat(" 
     model { 
     for (j in 1:J) 
     { 
     y[j] ~ dnorm (theta[j], tau.y[j]) 
     theta[j] ~ dnorm (mu.theta, tau.theta) 
     tau.y[j] <- pow(sigma.y[j], -2) 
     } 
     mu.theta ~ dnorm (0.0, 1.0E-6) 
     tau.theta <- pow(sigma.theta, -2) 
     sigma.theta ~ dunif (0, 1000) 
    }",fill=TRUE) 
sink()

用於運行程序的其餘部分的代碼如下：

data(schools) 
J <- nrow(schools) 
y <- schools$estimate 
sigma.y <- schools$sd 
data <- list ("J", "y", "sigma.y") 

inits <- function() 
{ 
    list(theta = rnorm(J, 0, 100), mu.theta = rnorm(1, 0, 100),sigma.theta = runif(1, 0, 100)) 
} 

schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000)

不幸的是，我收到了同樣的錯誤之前。

> schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000) 
    Error in sd(as.vector(ai)) : unused argument(s) (as.vector(ai))

我也曾嘗試指定program=c('OpenBugs')但是，讓我給另一個奇怪的錯誤OpenBugs是路徑

 Error in bugs(data, inits, model.file = "schools.txt", parameters = c("theta", : 
    unused argument(s) (program = c("OpenBugs"))

編輯

> sessionInfo() 
R version 2.15.2 (2012-10-26) 
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) 

locale: 
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C       
[5] LC_TIME=English_United States.1252  

attached base packages: 
[1] parallel stats  graphics grDevices utils  datasets methods base  

other attached packages: 
[1] abind_1.4-0  rjags_3-9   R2WinBUGS_2.1-18 BRugs_0.8-0  R2OpenBUGS_3.2-2.1 
[6] LearnBayes_2.12 coda_0.16-1  lattice_0.20-10 

loaded via a namespace (and not attached): 
[1] boot_1.3-7 grid_2.15.2 plyr_1.8  stringr_0.6.2 tools_2.15.2

traceback()給出。 ..

> traceback() 
No traceback available

EDIT 2

> getAnywhere("sd") 
2 differing objects matching ‘sd’ were found 
in the following places 
    .GlobalEnv 
    package:stats 
    namespace:stats 
Use [] to view one of them`

我應該如何刪除我定義和坐在.GlobalEnv的sd？

EDIT-3

問題解決了。我從工作區刪除了對象sd，並且一切正常。

來源

2012-12-29 Stat-R

您是否嘗試關閉當前R對話開放乾淨的新的會話？確保你不只是重新加載你的舊會話。 –

是的，我試過但結果相同！ 'sessionInfo（）'的結果是 –

？ '回溯（）'？ –

我想你已經得到了一個怪異的sd定義的版本。 getAnywhere("sd")$where有什麼結果？它應該是"package:stats" "namespace:stats"。如果您確實attach(schools)我可以看到，將在您的工作區中創建另一個名爲sd的對象，但這不應該導致問題，因爲它不是一個函數。

解決方案：rm(sd)或rm("sd")（後者可能是更好的）

來源

2013-01-30 20:53:39

我在我的'Rprofile.site'文件中定義了另一個名爲'sd'的函數，這就是我得到錯誤信息的原因。 'R'使用'.Global'中定義的sd。謝謝 –

在R中調用OpenBUGS不起作用

回答

相關問題