ALDEx 2不返回q值

我正在分析ALDEx 2（http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0067019#s3）中的RNA-Seq數據。出於某種原因，最終結果的表格缺少q值。我的代碼如下，前四行輸出也是如此。關於什麼是（不）發生的任何建議？ALDEx 2不返回q值

代碼：

data<-read.table("M_ARxCH.txt",sep="\t", header=T,stringsAsFactors=T,row.names=1) 
cond<-c("AR","AR","AR","CH","CH","CH") 
ARxCH<-aldex(data,cond,mc.samples=256) 
ARxCH_Sum<- summary.aldex(ARxCH)

輸出：

rab.all.q50 rab.win.AR.q50 rab.win.CH.q50 diff.btw.q50 diff.win.q50 effect.q50 criteria.we.pval criteria.we.lfdr criteria.we.BH criteria.wi.pval criteria.wi.lfdr criteria.wi.BH 
FBgn0012691 1 1 2 1 6 0 0.71 0.735 0.759 0.705 1 0.979 
FBgn0012692 0 0 1 0 6 0 0.577 0.256 0.662 0.907 1 0.993 
FBgn0020474 -6 -6 -6 1 2 0 0.451 0.345 0.701 0.554 1 0.905

根據手冊，應該有criteria.we.pval和criteria.we.lfdr之間的列標記criteria.we.qval

來源

2014-01-27 gwilymh

Gwilymh，q值被Benjamini-Hochberg錯誤發現率校正所替代。這是在criteria.we.BH列

來源

2014-02-05 22:30:40

ALDEx 2不返回q值

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