mclapply但不是停止R

我需要在Intel i7（8核）上執行並行處理，並使用R2.15.0（來自RStudio）的Ubuntu 12.04（64bit）。我已經成功完成了幾個星期，但從昨天開始，任何並行R處理的嘗試都會減慢處理速度，因此它幾乎死亡。電腦本身就像以前一樣快速（網頁瀏覽等），但R只是等待和等待。我通常每天更新Ubuntu（更新管理器），但不確定這是否與此相關。mclapply但不是停止R

此代碼阻止我的R工作。請不要運行它，除非你確定與崩潰R和知道如何使用「KILL -9」 ......

library(parallel) 
library(gsubfn) 

doSomething <- function(xx) { 
    test <- 16 
    return(test) 
} 

in.list <- list(1, 2, 3) 

out.list.1 <- lapply(in.list, doSomething)    # Works well (< 1s) 
out.list.2 <- mclapply(in.list, doSomething)    # Takes tens of minutes 
out.list.3 <- mclapply(in.list, doSomething, mc.cores=1) # Works well (< 1s) 
out.list.4 <- mclapply(in.list, doSomething, mc.cores=2) # Takes tens of minutes

大量的測試後，並「殺-9」，我想我已經分離問題到「庫（gsubfn）」。它會自動加載「加載所需的程序包：原加載所需的命名空間：tcltk 加載的Tcl/Tk接口......做」

我需要gsubfn包，所以它是不排除的選項。可以做任何事情來避免這個問題？

感謝大家對R-tag的貢獻！

/克里斯

來源

2012-06-20 Chris

'mclapply'起源於'multicore'包。在過去（至少），'Rstudio'不支持'multicore' [見這裏]（http://support.rstudio.org/help/discussions/questions/82-multicore-package-calls-within-rstudio）。如果在Rstudio之外運行此腳本，會發生什麼？ – mnel

RStudio之外也會出現此問題。 –

嘗試使用：

options(gsubfn.engine = "R")

這將防止gsubfn加載TCL，這可能會導致與mclapply功能問題。請參閱： How can I prevent R from loading a package?

和： https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-hpc/2009-August/000324.html

來源

2012-06-23 02:03:42

此代碼的所有作品完美瞬間我。我在Fedora 20下運行R 3.0.2，使用的機器比您的機器舊。也許你應該更新你的R安裝並重試。

正如前面的評論建議，總是從終端R運行並行代碼。我做了很多mclapply工作，它很少或從未在RStudio中工作。

來源

2014-02-06 20:22:50 farnsy

mclapply但不是停止R

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