2016-05-02 80 views
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我在Ubuntu中安裝了一個名爲RepeatMasker的程序,但是當我運行一個名爲Maker的安裝程序時,系統提到沒有安裝RepeatMasker。Ubuntu/Linux:如何將位置添加到bash_profile中?

Checking external program dependencies... 
requires: 
! RepeatMasker is not installed 

可能的解決方案是將RepeatMasker的位置添加到Maker中。

Add the location where you installed RepeatMasker to your PATH variable in 
.bash_profile (i.e. export PATH="/usr/local/RepeatMasker:$PATH"). 

如何在終端中找到我的bash_profile並將RepeatMasker的位置添加到Maker?

這是我的文件夾目錄:

/usr/local/bin/maker 
/usr/local/bin/RepeatMasker 
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你可以使用「which」命令嗎? – applecrusher

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上面有'/ usr/local/RepeatMasker'和'/ usr/local/bin/RepeatMasker'? – SaintHax

回答

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運行此命令在終端:

echo 'export PATH="/usr/local/RepeatMasker:$PATH"' >>~/.bash_profile 

提交更改運行此命令:

source .bash_profile 
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終端返回bash:./bash_profile:沒有這樣的文件或目錄 – Xiong89

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試試這個: - echo'export PATH =「/ usr/local/RepeatMasker:$ PATH」'>>〜/ .bashrc && source .bashrc –

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終端返回 /root/.bashrc中 - - /root/.profile - 〜/ .profile文件 - /etc/profile文件 - 在/ etc:bash下的.bashrc:沒有這樣的文件或目錄 – Xiong89

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首先,擺正位置之後的第三方應用 def成功的道路。除非您確定需要否則,否則您不希望有人訪問該路徑以將ls命令替換爲默認路徑。由於您似乎正在爲root做這件事,所以您應該意識到這樣做是一種糟糕的安全做法。

我建議編輯,而不是追加到.bash_profile稍後聰明起見。使用vi/vim或任何其他編輯器。您將使用〜root而不是〜b/c,在命令以root身份運行之前,〜將展開。

sudo vi ~root/.bash_profile

REPEAT_MASKER=/usr/local/RepeatMasker PATH=$PATH:$REPEAT_MASKER

對於單個缺少命令,你還可以使用別名,而不是添加整個目錄到您的路徑。但是,如果您需要使用shell腳本,則可以使用bash並查找expand_aliases以獲取更多信息。

vi ~root/.bashrc

alias RepeatMasker='/usr/local/bin/RepeatMasker'

在上述條目,RepeatMasker是可執行文件,而不是目錄。你的文章使用了兩條路徑,所以我很困惑哪一條是正確的。完成任何更改後,請輸入文件或重新登錄以查看其效果。

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