如何使用`h5py`調整HDF5陣列的尺寸

Question

如何使用h5py Python庫調整HDF5陣列的尺寸？

我試過使用.resize方法和chunks設置爲True的陣列。唉，我仍然錯過了一些東西。

In [1]: import h5py 

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w') 

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True) 

In [4]: d.resize((6, 3)) 
/home/mrocklin/Software/anaconda/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/dataset.pyc in resize(self, size, axis) 
--> 277   self.id.set_extent(size) 
ValueError: unable to set extend dataset (Dataset: Unable to initialize object) 

In [11]: h5py.__version__ 
Out[11]: '2.2.1' 

Answer 1

你需要改變這一行：

d = f.create_dataset('data', (3, 3), dtype='i8', chunks=True) 

要

d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(?, ?), dtype='i8', chunks=True) 

更改？到任何大小，你什麼

這裏閱讀： http://docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html#resizable-datasets

Answer 2

正如奧倫提到的，你需要，如果你想以後更改數組的大小創建dataset時使用maxshape。尺寸設置爲None，您可以調整其大小尺寸高達後來2 ** 64（H5的限制）：

In [1]: import h5py 

In [2]: f = h5py.File('foo.hdf5', 'w') 

In [3]: d = f.create_dataset('data', (3, 3), maxshape=(None, 3), dtype='i8', chunks=True) 

In [4]: d.resize((6, 3)) 

In [5]: h5py.__version__ 
Out[5]: '2.2.1' 

見docs更多。