我有個人級別的數據，我試圖根據組動態總結結果。按data.table中的組繪圖

例子：

set.seed(12039) 
DT <- data.table(id = rep(1:100, each = 50), 
       grp = rep(letters[1:4], each = 1250), 
       time = rep(1:50, 100), 
       outcome = rnorm(5000))

我想知道繪製組級別摘要最簡單的方式，數據載於：

DT[ , mean(outcome), by = .(grp, time)]

我想是這樣的：

但這根本不起作用。

我上倖存的可行選項（可以很容易地循環）爲：

plot(DT[grp == "a", mean(outcome), by = time]) 
lines(DT[grp == "b", mean(outcome), by = time]) 
lines(DT[grp == "c", mean(outcome), by = time]) 
lines(DT[grp == "d", mean(outcome), by = time])

（與顏色等添加的參數，排除了簡潔）

這令我不做到這一點的最好方法 - 給予data.table在處理羣體方面的技巧，是不是有更優雅的解決方案？

其他來源已經指向我matplot，但我不能看到一個簡單的方法來使用它 - 我需要重塑DT，並有一個簡單的reshape，將完成這項工作？

來源

2015-02-08 MichaelChirico

基地ř使用matplot和dcast溶液

dt_agg <- dt[ , .(mean = mean(outcome)), by=.(grp,time)] 
dt_cast <- dcast(dt_agg, time~grp, value.var="mean") 
dt_cast[ , matplot(time, .SD[ , !"time", with=FALSE], 
        type="l", ylab="mean", xlab="")] 
#or, if you've got the data.table version 1.9.7+: 
# (see https://github.com/Rdatatable/data.table/wiki/Installation) 
dt_cast[ , matplot(time, .SD, type="l", ylab="mean", xlab=""), .SDcols = !"time"]

結果： enter image description here

來源

2015-02-09 09:01:38 Rentrop

這個工作，但'dt_cast [，setdiff（名稱（dt_cast），「時間」），其中= F]'或'dt_cast [ ，當有多個組時，需要使用等級（dt $ grp），其中= F]'。謝謝！ – MichaelChirico 2015-02-09 12:41:17

實際上，最近更新到'data.table'就更容易了！ – MichaelChirico 2016-10-05 03:21:08

使用reshape2您可以將數據集轉換成能方式：

new_dt <- dcast(dt,time~grp,value.var='outcome',fun.aggregate=mean) 

new_dt_molten <- melt(new_dt,id.vars='time')

，然後用GGPLOT2這樣的情節是：

ggplot(new_dt_molten,aes(x=time,y=value,colour=variable)) + geom_line()

或者，（簡單的解決方案實際上），你可以使用數據集，您可以直接執行類似操作：

ggplot(dt,aes(x=time,y=outcome,colour=grp)) + geom_jitter() + geom_smooth(method='loess')

或

ggplot(dt,aes(x=time,y=outcome,colour=grp)) + geom_smooth(method='loess')

來源

2015-02-08 23:26:15 nbafrank

你是非常正確的軌道。使用ggplot來做到這一點如下：

(dt_agg <- dt[,.(mean = mean(outcome)),by=list(grp,time)]) # Aggregated data.table 
    grp time  mean 
    1: a 1 0.75865672 
    2: a 2 0.07244879 
---

現在ggplot這個聚合的數據。表

require(ggplot2) 
ggplot(dt_agg, aes(x = time, y = mean, col = grp)) + geom_line()

結果： enter image description here

來源

2015-02-08 23:46:55 Rentrop

有一種方法用做此data.table的by參數，如下所示：

DT[ , mean(outcome), by = .(grp, time) 
    ][ , {plot(NULL, xlim = range(time), 
      ylim = range(V1)); .SD} 
     ][ , lines(time, V1, col = .GRP), by = grp]

注意的是，中間部分{...; .SD}需要繼續鏈接。如果DT[ , mean(outcome), by = .(grp, time)]已經保存爲另一種data.table，DT_m，那麼我們可以只執行：

DT_m[ , plot(NULL, xlim = range(time), ylim = range(V1))] 
DT_m[ , lines(time, V1, col = .GRP), by = grp]

隨着輸出

很多發燒友的結果是可能的;例如，如果我們想爲每個組指定特定的顏色：

grp_col <- c(a = "blue", b = "black", 
      c = "darkgreen", d = "red") 
DT[ , mean(outcome), by = .(grp, time) 
    ][ , {plot(NULL, xlim = range(time), 
      ylim = range(V1)); .SD} 
     ][ , lines(time, V1, col = grp_col[.BY$grp]), by = grp]

注：

有在RStudio一個錯誤，這將導致該代碼失敗如果輸出發送到RStudio圖形設備。因爲這種方法只能從命令行上的R或將輸出發送到外部設備（我將它發送到png以產生上述內容）。

參見data.table issue #1524，this RStudio support ticket，並且這些SO適量（1和2）

來源

2016-08-31 18:14:36 MichaelChirico

按data.table中的組繪圖

回答

注：

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