EEGLAB

Question

For循環不同的數據集和條件我必須分析一些EEG數據，我試圖自動化預處理程序。

我有40位參與者。每個參與者有4種不同的文件，適合4種情況

所以將文件保存爲

1-1 
1-2 
1-3 
1-4 
2-1 
2-2 
2-3 
2-4 
... 

高達40-4

的文件是從BioSemi（.bdf）

我已經能夠使自動化的預處理過程，但每次我必須選擇不同的文件時，運行腳本並保存。

我想運行一個for循環來完成所有操作（取1-1，運行預處理，保存，取1-2 ...等）。

以下我粘貼到目前爲止我所擁有的。

我一直試圖寫一個for循環，但它只是不工作。

我真的很感激任何幫助。

這是當前預處理腳本：

---

subject = '1-1.bdf' 

%Open EEGLAB and inizialize several EEGLAB variables (listed in the output 
%function 
[ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab; 

%Load a file 
%EEG=pop_loadset; % pop up window to input arguments 

EEG = pop_biosig(subject) %Reads in the dataset frin a BIOSEMI file 

% Stores the dataset into EEGLAB 
[ALLEEG EEG CURRENTSET ] = eeg_store(ALLEEG, EEG); 

%Change sampling rate to 512 
EEG = eeg_checkset(EEG);  
EEG = pop_resample(EEG, 512);  
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, CURRENTSET); %save it as a new dataset 

% Edit Channel Location 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG=pop_chanedit(EEG, 'lookup','D:\\Matlab\\eeglab_current\\eeglab13_5_4b\\plugins\\dipfit2.3\\standard_BESA\\standard-10-5-cap385.elp'); 
% Store the dataset into EEGLAB 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

% Add some comments 
EEG.comments = pop_comments(EEG.comments,'','Sampling rate was changed to 512.',1); 
% You can see the comments stored with the dataset either by typing >> EEG.comments or selecting the menu option Edit->About this dataset. 

%Select Data. Remove EXG5:EXG8 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_select(EEG,'nochannel',{'EXG5' 'EXG6' 'EXG7' 'EXG8'}); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 


%HighPassFilter 0.5 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_eegfilt(EEG, 0.5, 0, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

%LowPassFilter 50 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_eegfilt(EEG, 0, 50, [], [0], 0, 0, 'fir1', 0); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 


%ReReference to 35 36 (EXG3. EXG4) 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_reref(EEG, [35 36]); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

% Reject Continuous By Eye 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
pop_eegplot(EEG, 1, 0, 1); 

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% 

%Automatic Channel Rejection 
EEG = eeg_checkset(EEG); 
EEG = pop_rejchan(EEG, 'elec',[1:34] ,'threshold',5,'norm','on','measure','prob'); 
[ALLEEG EEG CURRENTSET] = pop_newset(ALLEEG, EEG, 2,'overwrite','on','gui','off'); 

eeglab redraw % Update the EEGLAB window to view changes 

Answer 1

這裏是你如何可以訪問文件名在一個循環，這樣就可以運行MATLAB腳本。最簡單的做法是將你的.bdf文件放在一個文件夾中。然後寫一個包裝你想要的功能的功能，如：

function run_script_with_loop(pathname) 

file_struct_list = dir([pathname filesep() '*.bdf']); %% get list of .bdf files in the pathname specified 

filename_list = {file_struct_list.name}; %% extract the filenames into a cellarray 
for subject = filename_list %% this iterates over the elements of the cell array, one-by-one, setting the `filename` variable like a loop variable 
    [ALLEEG EEG CURRENTSET ALLCOM] = eeglab; 
    full_pathname = [pathname filesep() subject{1}]; 
    EEG = pop_biosig(full_pathname); %% perform your processing 
    ... 
end 

幾點意見：

• 我想是平臺無關的使用的filesep()所以 這應該工作在linux/mac/windows上。如果你正在運行在同一目錄中的數據文件中的代碼 ，你當然可以簡化 這

• 確保提領subject當您使用大括號{}。如果您使用subject(1)標準的MATLAB數組引用，那麼你將得到一個包含文件名字符串的單元格陣列，而不只是簡單的文件名字符串

• 在MATLAB的dir()命令工作就像dir在窗口或ls在Linux中，你可以使用通配符來獲取文件的自定義列表，就像dir('1-*.bdf')只得到標的1的數據文件