R中帶有NoData值的UPGMA集羣

我有一個網站矩陣。我想開發一個UPGMA集羣。我想使用R和素食圖書館。我的矩陣有不是所有變量都被測量的位置。R中帶有NoData值的UPGMA集羣

隨着數據的相似矩陣：

Variable 1;Variable 2;Variable 3;Variable 4;Variable 5 
0.5849774671338231;0.7962161133598957;0.3478909861199184;0.8027122599553912;0.5596553797833573 
0.5904142034898171;0.18185393432022612;0.5503250366728479;NA;0.05657408486342197 
0.2265148074206368;0.6345513807275411;0.8048128547418062;0.3303602674038131;0.8924461773052935 
0.020429460126217602;0.18850489885886157;0.26412619465769416;0.8020472793070729;NA 
0.006945970735023677;0.8404983401121199;0.058385134042814646;0.5750066564897788;0.737599672122899 
0.9909722313946067;0.22356808747617019;0.7290078902086897;0.5621006367587756;0.3387823531518016 
0.5932907022602052;0.899773235815933;0.5441346748937264;0.8045695319247985;0.6183003409599681 
0.6520679140573288;0.5419713133237936;NA;0.7890033752744002;0.8561828607592286 
0.31285906479192593;0.3396351688936058;0.5733594373520889;0.03867689654415574;0.1975784885854912 
0.5045966366726562;0.6553489439611587;0.029929403932252963;0.42777351534900676;0.8787135401098227

我刨用下面的代碼來做到這一點：

library(vegan) 
# env <- read.csv("matrix_of_sites.csv") 
env.norm <- decostand(env, method = "normalize") # Normalizing data here 
env.ch <- vegdist(env.nom, method = "euclidean") 
env.ch.UPGMA <- hclust(env.ch, method="average") 
plot(env.ch.UPGMA)

我跑第二線後，我得到這個錯誤：

Error in x^2 : non-numeric argument to binary operator

我不熟悉R，所以我不確定這是否是由於沒有數據的單元。我該如何解決這個問題？

來源

2015-05-29 Jaqo

@gung：謝謝你的建議。我包括數據以支持一個可重複的例子。 – Jaqo

我爲你格式化了數據。如果你願意，你可以檢查它是如何完成的，以備將來參考。我注意到有2個地方只有4個值，並且有分號';;'。我認爲那些是缺少價值的;我把'NA's放在那裏。編輯，如果適當的話。 – gung

謝謝。現在很清楚。 – Jaqo

R並不認爲數據是矩陣中的數字，但至少其中一些數據被解釋爲字符變量並更改爲因子。在將int讀入R後檢查數據。如果所有數據都是數字，則sum(env)會給出數字結果。使用str()或summary()功能進行詳細檢查。

從R的角度來看，您的數據文件具有混合格式。 R功能read.csv假定項目由逗號分隔（,），小數點分隔符是句點（.），並且read.csv2假定項目由冒號分隔（;），小數點分隔符是逗號,。你混合這兩個約定。您可以讀取格式如此的數據，但您可能必須同時提供sep和dec參數。

如果您在R中正確獲取您的數據，則decostand將停止並出現錯誤：如果您未添加na.rm = TRUE，它不會接受缺失值。與下一個vegdist命令相同：它還需要na.rm = TRUE來分析您的數據。

來源

2015-06-01 15:35:23

感謝您的幫助，併爲純素食！在調用decostand時，設置header = TRUE，dec ='。'，sep ='，'，stringsAsFactors = FALSE，na.strings ='NA''。 – Jaqo

我有第二個問題：我在Q模式下應用聚類和PCA分析：我正在比較網站（或L＆L會說的對象），而不是變量。我的變量是不同的（例如，降水，坡度，不透水性）。在獲得站點之間的和絃距離之前，我是否應該在變量內應用規範化？ – Jaqo

R中帶有NoData值的UPGMA集羣

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