R基於SOCKet的集羣

Question

我正在嘗試使用R snow軟件包建立SOCKet集羣。

我有機會獲得5臺機器的IP地址： xxx.xxx.xx.x1 xxx.xxx.xx.x2 xxx.xxx.xx.x3 xxx.xxx.xx.x4 XXX。 xxx.xx.x5

As in this question，我已成功將公鑰複製到這些機器，以便無密碼身份驗證起作用。從R內，這個作品

library(parallel) 
library(snowfall) 
for (i in seq.int(5)) system(print(paste('ssh ', 'root@xxx.xxx.xx.x', i, ' date', 
            sep = ''))) 

但是，這個掛起。

sockCluster = makeSOCKcluster(c('root@xxx.xxx.xx.x1', 
        'root@xxx.xxx.xx.x2', 
        'root@xxx.xxx.xx.x3', 
        'root@xxx.xxx.xx.x4', 
        'root@xxx.xxx.xx.x5')) 

我錯過了什麼？

Answer 1

我很困惑，你說你正在使用snow包，但示例加載parallel和snowfall。這可能與您的問題有關，但也存在如何指定遠程用戶的問題。

Snow始終使用ssh -l選項，其值爲user選項，該選項的默認值爲Sys.info()["user"]。有可能makeSOCKcluster失敗，因爲用戶被指定爲兩種方式，但這讓我感到驚訝。我建議你嘗試只指定user選項：

library(snow) 
sockCluster <- makeSOCKcluster(c('xxx.xxx.xx.x1', 
        'xxx.xxx.xx.x2', 
        'xxx.xxx.xx.x3', 
        'xxx.xxx.xx.x4', 
        'xxx.xxx.xx.x5'), user='root')